Identificação de <i>Achromobacter xylosoxidans</i> isoladas na fibrose cística: comparação entre as técnicas de <i>Multilocus Sequence Typing</i>, PCR para o gene <i>bla</i>_OXA-114 e sequenciamento do gene 16S rRNA

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Rodrigues, Elenice Rosa de Aguiar
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade do Estado do Rio de Janeiro; Centro Biomédico::Faculdade de Ciências Médicas; BR; UERJ; Programa de Pós-Graduação em Microbiologia
• Palavras-chave em Português: Cystic fibrosis; Identification of species; Achromobacter; MLST; PFGE; Fibrose cística; Identificação das espécies; Fibrose cística Diagnóstico; Pulmões Doenças; Achromobacter Patogenicidade; Tipagem de Sequências Multilocus Métodos; Eletroforese em Gel de Campo Pulsado Métodos; RNA Ribossômico 16S; CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIA
• Link de acesso: http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/14461

<i>Achromobacter xylosoxidans</i> tem se destacado como patógeno importante nas infecções pulmonares em pacientes com Fibrose Cística (FC). A similaridade fenotípica e genotípica entre as espécies do gênero dificulta a sua identificação podendo subestimar a real frequência. A identificação adequada é necessária para compreender a epidemiologia e impacto clínico das diferentes espécies de <i>Achromobacter</i>. Este estudo comparou os resultados obtidos na identificação das espécies do gênero por sequenciamento do gene 16S rRNA, por <i>Multilocus Sequence Typing</i> (MLST) e PCR para o gene <i>bla</i>_OXA-114-like. Foram avaliadas 30 amostras de <i>Achromobacter</i> spp, obtidas de 17 pacientes com FC atendidos em dois centros de referência na cidade do Rio de Janeiro, pertencentes a 18 clones previamente estabelecidos por PFGE. O sequenciamento do gene 16S rRNA, identificou as 30 amostras como <i>A. xylosoxidans</i>. O sequenciamento dos produtos de amplificação para o gene <i>bla</i>_OXA-114-like revelou compatibilidade de 17 amostras com alguma variável do gene e foram caracterizadas como <i>A. xylosoxidans</i>. Onze amostras foram compatíveis com o gene <i>bla</i>_OXA-258, e foram classificadas como <i>A. ruhlandii</i>. Duas amostras não obtiveram amplificação. A análise do MLST mostrou que 11 amostras obtiveram correspondência com quatro STs (2, 13, 35, 36) disponibilizado no <i>Achromobacter MLST website</i>. Em 15 amostras foram caracterizados dez novos alelos que geraram oito novos STs (198, 199, 200, 201, 202, 203, 204 e 205). Duas combinações alélicas novas foram observadas em duas amostras caracterizando dois novos STs (206 e 207). Duas amostras não tiveram seus STs definidos. As 30 amostras corresponderam a 14 STs e quatro espécies de <i>Achromobacter spp</i>. Dezessete amostras foram identificadas como A. xylosoxidans, nove como <i>A. ruhlandii</i>, uma <i>A. dolens</i> e uma <i>A. insuavis</i>. As três técnicas foram concordantes apenas na identificação de 17 amostras de <i>A. xylosoxidans</i> (56,6%). A identificação de nove amostras de <i>A. ruhlandii</i> foram concordantes nas técnicas de MLST, PCR e sequenciamento para OXA-114. <i>A. dolens</i> e <i>A. insolitus</i> foram identificados somente por MLST. A comparação entre PFGE e MLST mostrou que os resultados das duas técnicas não são totalmente concordantes. O PFGE caracterizou 18 clones enquanto o MLST identificou 14 STs. Na amostragem foram observados diferentes clones PFGE correspondendo ao mesmo ST e clones PFGE/MLST únicos por paciente. Os resultados deste estudo demonstraram que, o sequenciamento do gene 16S rRNA foi uma boa ferramenta para a caracterização do gênero e a PCR do gene <i>bla</i>_OXA-114 foi útil para a identificação das duas espécies mais frequentes na FC (<i>A. xylosoxidans</i> e <i>A.ruhlandii</i>). Entretanto, o MLST teve o melhor desempenho caracterizando todas as espécies descritas. Estudos adicionais são necessários para elucidar a dinâmica da infecção e contribuições das diferentes espécies do gênero <i>Achromobacter</I> na FC.