Investigação genômica de patógenos bacterianos de prioridade crítica isolados de pacientes com COVID-19

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Silva, Jessica Santiago Bispo da
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Bacterial resistance; COVID-19; Critically prioritized pathogens; Patógenos de prioridade crítica; Resistência bacteriana
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-12062024-154140/

O presente estudo teve como objetivo identificar e analisar o genoma de patógenos bacterianos de prioridade crítica isolados de pacientes com COVID-19, em 2020. Sessenta e cinco isolados bacterianos foram identificados por Maldi-Tof, incluindo Pseudomonas aeruginosa (11 isolados, 7,15%), Stenotrophomonas maltophilia (7 isolados, 4,55%), Burklholderia cenocepacia (2 isolados, 1,30%), Klebsiella aerogenes (3 isolados, 1,95%), Klebsiella pneumoniae (8 isolados, 5,20%), Acinetobacter baumannii (8 isolados, 5,20%), Enterobacter bugandensis (1 isolado, 0,65%), Burkholderia cepacia (13 isolados, 8,45%), Proteus mirabilis (1 isolado, 0,65%), Klebsiella variicola (2 isolados, 1,30%), Escherichia coli (1 isolado, 0,65%), Serratia marcescens (5 isolados, 3,25%), Morganella morganii (2 isolados, 1,30%) e Elizabethkingia miricola (1 isolado, 0,65%). Especificamente, 17 cepas (11,5%), incluindo K. pneumoniae (7 isolados), P. aeruginosa (5 isolados), A. baumannii (4 isolados) e E. coli (1 isolado), apresentaram um perfil de resistência a carbapenêmicos e/ou cefalosporinas de amplo espectro, como determinado pelo método de disco-difusão. Essas cepas foram submetidas a sequenciamento pela plataforma Illumina NextSeq. A análise genômica revelou um amplo resistoma para beta-lactâmicos (blaKPC-2, blaCTX-M-14, blaCTX-M-15), aminoglicosídeos (oqxA, oqxB, qnrE1 e aac (6) -Ib-cr) e quinolonas (gyrA-83I e parC-80I) Adicionalmente, foram identificados clones internacionais de alto risco, como K. pneumoniae ST11, ST16, ST17 e ST437, P. aeruginosa ST244 e ST671, A. baumannii ST79 e ST730, e E. coli ST1193. Genes exoU e toxA, relacionados com alta virulência e o sistema de secreção tipo III, foram identificados em uma cepa de P. aeruginosa, enquanto genes responsáveis pela produção dos sideróforos enterobactina (ent) e aerobactina (iuc/iut) foram detectados em E. coli e A. baumannii. Uma limitação do presente estudo e a ausência de dados clínicos dos pacientes. Nossos resultados sugerem que pacientes com COVID-19 são suscetíveis de serem colonizados e/ou adquirir infecções secundárias por clones internacionais de alto risco, endêmicos em hospitais brasileiros. Essa condição pode contribuir para um prognóstico desfavorável da infecção por COVID-19.