neoANT:HILL: uma ferramenta integrada para a detecção de potenciais neoantígenos

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Coêlho, Ana Carolina Miranda Fernandes
• Orientador(a): Souza, Sandro José de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Programa de Pós-Graduação: PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Neoantígenos; Câncer; Mutações somáticas; Células T; Moléculas de HLA; Análises imunogenômicas
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
• Link de acesso: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/27187

Nos últimos anos, os neoantígenos têm gerado grande interesse na imunoterapia devido à sua capacidade de desencadear respostas imunológicas antitumorais. Os neoantígenos surgem como consequências de mutações somáticas especificas e podem ser apresentados, pelas moléculas de HLA, na superfície das células tumorais e reconhecidos pelas células T como moléculas não-próprias. Diversos estudos indicaram resultados promissores quanto ao uso dos neoantígenos em diferentes abordagens imunoterapêuticas. No entanto, a identificação precisa dos neoantígenos ainda permanece um desafio. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi desenvolver uma ferramenta computacional que integre análises imunogenômicas individuais, porém, fundamentais para a identificação de potenciais neoantígenos. Foram utilizados dados de RNA-seq do projeto GEUVADIS e dados de mutações somáticas provenientes de melanoma do projeto TCGA para auxiliar na validação do pipeline desenvolvido. Como resultado, obteve-se a ferramenta, denominada neoANT-HILL, desenvolvida na linguagem de programação Python e, disponível por meio de uma interface gráfica amigável e interativa. A ferramenta utiliza dados provenientes do sequenciamento genômico ou exômico e/ou dados de RNA-Seq para a execução das análises imunogenômicas disponíveis. A integração dos resultados auxiliam na identificação precisa de potenciais neoantígenos candidatos à imunoterapia.