Caracterização da interação dos coronavírus SARS-CoV e SARS-CoV-2 com o receptor ACE2 por meio de um padrão evolutivo conservado de aminoácidos

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Carvalho, Patrícia Pereira Duzi
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: ACE2; Bioinformática; Bolso hidrofóbico; Conservação de aminoácidos; Conservation of amino acids; COVID-19; Hydrophobic pocket; SARS-CoV; SARS-CoV-2
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-24082021-145318/

As proteínas spike (S) medeiam a entrada do coronavírus na célula hospedeira. A subunidade S1 das proteínas S contém o domínio de ligação ao receptor (RBD) que é capaz de reconhecer diferentes receptores, destacando sua notável capacidade de adaptação aos seus hospedeiros ao longo da evolução viral. Enquanto o RBD situado na proteína spike e determinante para a interação vírus-receptor, os resíduos ativos estão no motivo de ligação ao receptor (RBM), uma região localizada no RBD que desempenha um papel fundamental na ligação da superfície externa de seus receptores. Neste projeto de pesquisa, abordamos a hipótese de que as cepas dos coronavírus SARS-CoV e SARS-CoV-2 capazes de usar a enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) para infectar células hospedeiras adaptaram seu RBM ao longo da evolução viral para explorar topologias conformacionais direcionadas pelos resíduos de aminoácidos YGF que formam um bolso hidrofóbico, importante via de reconhecimento e ligação ao receptor. Mecanismo similar e usado na interação do complexo UBA-ubiquitina, associado a proteólise. Utilizamos neste projeto diferentes gêneros de coronavírus e suas sequências foram analisadas com ClustalW e Jalview com o intuito de investigar se o mecanismo molecular baseado em YGF pode atuar como uma assinatura proteica localizada no RBM, distinguindo os coronavírus capazes de usar o ACE2 como um receptor de entrada celular. Os resíduos analisados podem representar um alvo importante para o desenvolvimento de medicamentos e além disso, a compreensão da organização do coronavírus na ligação ao receptor ACE2.