GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração.

• Ano de defesa: 2012
• Autor(a) principal: Oliveira, André Luiz de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Bioinformática; Bioinformatics; Biologia molecular; Desenvolvimento de software; DNA sequence; Genetic sequencing; Molecular biology; Sequência do DNA; Sequenciamento genético; Software development; Virus; Vírus
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/

O programa GenSeed, descrito previamente pelo nosso grupo, implementa um método de montagem progressiva dirigida por semente, o qual permite reconstruir sequências de DNA para montagem alvo-específicas partindo-se de sequências semente curtas de DNA ou proteína. Esse programa pode ser aplicado para a reconstrução de fragmentos genômicos, extracromossômicos e cDNAs, mas não é adequado para a reconstrução de sequências utilizando sementes e bases de dados derivadas de amostras heterólogas. O presente trabalho teve como objetivo o desenvolvimento do GenSeed-HMM, uma versão do GenSeed, capaz de utilizar HMMs de perfis como sementes para a reconstrução de sequências específicas, e de processar dados gerados pelas novas plataformas de sequenciamento, incluindo leituras curtas. Este trabalho relata a implementação do programa GenSeed-HMM, e sua validação utilizando dados reais de diferentes plataformas de sequenciamento, originados de procariotos, eucariotos, bem como de amostras metagenômicas.