Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de sequências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica.

• Ano de defesa: 2008
• Autor(a) principal: Ferro, Milene
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Eimeria spp.; Pipeline; Anotação de sequências biológicas; Bioinformática; Bioinformatics; DNA sequences; Etiquetas de seqüencias expressas; Expressed sequences tags; Processo encadeado; Sequence annotation; Seqüência de DNA
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/

A coccidiose aviária é uma doença entérica causada por protozoários parasitas do gênero Eimeria. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na regulação do ciclo de vida dos parasitas, foram geradas 15.000 seqüências expressas (ORESTES) para cada uma das três espécies mais importantes: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento de componentes de anotação automática de seqüências para o sistema EGene, plataforma previamente desenvolvida pelo nosso grupo (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) para a construção de processamentos encadeados (pipelines). Estes componentes foram utilizados para a construção de pipelines de anotação automática de seqüências-consenso obtidas a partir da montagem dos ORESTES de Eimeria spp. A anotação consistiu na identificação dos genes e atribuição da função dos respectivos produtos protéicos, baseando-se em um conjunto de evidências. As seqüências também foram classificadas e quantificadas utilizando-se um vocabulário controlado de termos de ontologia gênica (GO).