Impacto da análise de isoalelos em marcadores STRs por sequenciamento de nova geração na estimativa de parâmetros forenses em amostra populacional brasileira

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Ferrari, Matheus de Sousa
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Alelos isométricos; Bioinformática; Bioinformatics; Forensic genetics; Genética forense; Isometric alleles; Microsatellites; Microssatélites
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59138/tde-29102024-114430/

O sequenciamento de nova geração (NGS) foi uma técnica desenvolvida para análise de genomas completos de maneira rápida, acurada e relativamente barata. Essa técnica permite realizar o sequenciamento simultâneo de diversas amostras de DNA ou RNA em um curto período de tempo. Neste contexto, possibilita a obtenção de perfis de STRs (Short Tandem Repeats) a partir de sequências do genoma de forma mais prática e com melhor resolução, permitindo a determinação de alelos com base não apenas no número de repetições (tamanho), mas também na composição da sequência. A fim de explorar a diversidade de sequência de STRs, este projeto tem como principal objetivo utilizar ferramentas bioinformáticas para genotipar 91 STRs (44 autossômicos e 47 ligados ao cromossomo Y), incluindo os 20 STRs autossômicos do sistema CODIS amplamente utilizados na rotina forense, a partir dos dados de sequenciamento de genomas completos gerados no contexto do projeto SABE (Saúde, Bem-Estar e Envelhecimento) por meio da tecnologia Illumina. Para isso, o programa HipSTR foi utilizado para a genotipagem dos STRs, e os programas Straf, GenAlEx, Arlequin e YHRD foram posteriormente empregados para estimativas de parâmetros populacionais e forenses a partir dos genótipos obtidos. Esse trabalho tem como hipótese que o conjunto de marcadores STRs genotipados a partir de genomas completos gerariam alelos isométricos (isoalelos) suficientes para aumentar a informatividade forense dos marcadores para a amostra populacional brasileira analisada. O principal objetivo do trabalho foi identificar os genótipos para o amplo conjunto de marcadores STRs selecionado, utilizando os dados de genomas completos de indivíduos brasileiros sequenciados por NGS. Observou-se a eficácia do HipSTR em genotipar STRs de interesse forense a partir de genomas completos, gerando resultados para todos os 44 STRs autossômicos e para 39 dos 47 Y-STRs, grande parte com boa cobertura. Foi possível identificar diversos isoalelos em 40 STRs autossômicos e em 21 Y-STRs, elevando o poder de exclusão e de discriminação, e diminuindo a probabilidade de match da maioria dos marcadores analisados.