Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2019 |
| Autor(a) principal: |
Aubin, Mateus Rauback |
| Orientador(a): |
Righi, Rodrigo da Rosa |
| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Universidade do Vale do Rio dos Sinos
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada
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| Departamento: |
Escola Politécnica
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| País: |
Brasil
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| Palavras-chave em Português: |
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| Palavras-chave em Inglês: |
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| Área do conhecimento CNPq: |
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| Link de acesso: |
http://www.repositorio.jesuita.org.br/handle/UNISINOS/7795
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Resumo: |
Atualmente são escassos os exemplos de áreas do conhecimento que não se beneficiam de recursos tecnológicos para aumentar a produtividade. Também figurando como uma das beneficiadas por esta tendência, a bioinformática, que surge da união entre biologia, ciência da computação e medicina, estabeleceu técnicas, algoritmos e bases de dados que se tornaram fundamentais para o execício da pesquisa, seja no âmbito acadêmico ou comercial. Avanços recentes como as tecnologias de Sequenciamento Genético de Próxima Geração (NGS) trouxeram abundância de dados para a bioinformática e a filogenética, que foca no estudo das relações genealógicas entre organismos, aumentando a qualidade dos estudos outrora limitados apenas a observações manuais. Com o objetivo de aumentar o conhecimento sobre bioinformática e filogenética, em colaboração com o laboratório de Biologia da UNISINOS, foi realizado um mapeamento do estado da arte através de uma revisão da literatura que contribuiu para a elaboração de uma taxonomia capaz de classificar os projetos de software encontrados em termos de suas categorias, métodos e finalidades. Com base na revisão bibliográfica é possível concluir que, contrastando com os recentes avanços na filogenética, os projetos de software estão tecnologicamente defasados, demandando investimentos em modernização principalmente no que diz respeito a aplicação de técnicas mais recentes como elasticidade de recursos, balanceamento de carga e aceleração por GPUs. Através do modelo He–lastic é proposta uma abordagem de otimização para o projeto jModelTest que contempla o uso de elasticidade de recursos em um ambiente de computação em nuvem, resultando em uma arquitetura de elasticidade em duas camadas, baseada nas tecnologias FaaS e de Orquestração de Contêineres. O modelo proposto foi submetido a uma série de cenários de avaliação que possibilitaram a comparação com o estado atual do jModelTest e resultaram, considerando tempo de execução e custo financeiro, em um impacto na faixa de 6% a 16%, conforme a quantidade de recursos utilizados. Dentre as contribuições alcançadas por este trabalho merecem destaque o modelo He–lastic, com sua abordagem baseada em duas camadas de elasticidade que possibilita prevenir custos em momentos de ociosidade, assim como o estudo de custos detalhando a interação entre as camadas de elasticidade, e a taxonomia que foi fundamental na classificação dos trabalhos contemplados pelo levantamento do estado da arte. Futuramente é possível vislumbrar esforços quanto a otimização da transição entre as camadas de elasticidade, que apresentou sensíveis perdas de eficiência durante a avaliação, assim como melhorias no protótipo e no modelo buscando extrair maiores ganhos de eficiência. |
