Caracterização genômica do DNA repetitivo e diversidade genética em Syagrus coronata (Mart.) Becc

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: SANTANA, Jackeline Terto da Silva
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal Rural de Pernambuco; Departamento de Agronomia; Brasil; UFRPE; Programa de Pós-Graduação em Melhoramento Genético de Plantas
• Palavras-chave em Português: Syagrus coronata; Ouricuri; Genoma; Marcador molecular; Diversidade genética; FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETAL
• Link de acesso: http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/9503

Syagrus coronata (Mart.) Becc., popularmente conhecida como ouricuri e licuri, é integrante de Arecaceae e apresenta grande importância socioeconômica e ecológica. Apesar de ser uma espécie amplamente distribuída na Caatinga e Mata Atlântica, a expansão urbana e intensificação de práticas agropecuárias têm contribuído para o declínio populacional acentuado, necessitando de medidas que possam auxiliar a conservação de seus recursos genéticos. Estudos genômicos envolvendo a caracterização da fração repetitiva e determinação do tamanho do genoma vêm sendo realizados para espécies de Arecaceae. No entanto, para S. coronata há a necessidade de estudar a organização do DNA repetitivo. Diante disso, objetivou-se neste estudo: 1) estimar o tamanho do genoma e caracterizar o DNA repetitivo em S. coronata por citometria de fluxo e abordagem k-mer usando o método RESPECT e 2) analisar a diversidade genética de populações de S. coronata em dois biomas por meio de marcadores microssatélites e DNA de cloroplasto. O tamanho do genoma foi estimado em 2,27 ± 0,026 Gbp/1C usando citometria de fluxo e 2,76 Gbp usando abordagem k-mer. A fração repetitiva do genoma correspondeu a 60,39%, onde as sequências retrotransposons LTR foram mais abundantes (37,62% para Ty1/Copia e 12,2% para Ty3/Gypsy). Outros elementos repetitivos foram identificados: transposons (3,91%), DNA ribossômico (0,56%) e sequências satélites (1,32%). Houve elevada diversidade em número e comprimento de monômeros nas sequências satélites. Os resultados de diversidade genética em seis diferentes localidades dos biomas Caatinga e Mata Atlântica revelaram a formação de apenas um grupo populacional, indicando existir pouca diferenciação genética entre as localidades estudadas. A maior parte da variação genética esteve presente dentro das amostras (98,3% para dados de SSRs e 56,68% para SNPs), o que indica a presença de fluxo gênico dentro da população. Para fins de conservação da espécie, sugere-se principalmente a conservação in situ visto que a alta diversidade encontrada dentro das populações indica ampla distribuição nas diferentes localidades.