Meta-análise integrativa secretoma-proteoma para identificação de potenciais biomarcadores de adenocarcinoma ductal pancreático

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Oliveira, Grasieli de [UNESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: PAAD; Espectrometria de massas; Bioinformática; Biomarcadores prognósticos; Mass spectrometry; Bioinformatics; Prognostic biomarkers
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/192618

Adenocarcinoma ductal do pâncreas (PDAC) é extremamente agressivo, possui prognóstico desfavorável e não existem biomarcadores satisfatório para a doença ou identificação de indivíduos com alto risco de morbidade e mortalidade. A complexidade celular e molecular do câncer de pâncreas leva a inconsistências nas validações clínicas de muitas proteínas que foram avaliadas como biomarcadores prognósticos da doença. O secretoma tumoral desempenha um papel crucial na proliferação e metástase de células PDAC, bem como na resistência a tratamentos terapêuticos, que juntos contribuem para um pior resultado clínico. Assim, a enorme quantidade de dados proteômicos do câncer de pâncreas que foram gerados a partir de diferentes tipos de amostras e técnicas de espectrometria de massa pode ser integrada para a seleção de proteínas secretadas compartilhadas relevantes para o diagnóstico e prognóstico da doença. O objetivo do presente estudo foi realizar uma meta-análise combinando dados do proteoma do câncer de pâncreas e secretome publicamente para identificar novos potenciais biomarcadores de doenças. Realizamos uma meta-análise integrando dados de espectrometria de massa obtidos de duas revisões sistemáticas da literatura sobre câncer de pâncreas, que selecionaram independentemente 20 estudos do secretoma e 35 do proteoma. Em seguida, realizamos análises de predição de proteínas secretadas usando sete ferramentas ou bancos de dados “in silico”, que identificaram 39 proteínas compartilhadas entre o secretoma e os dados do proteoma. Notavelmente, a expressão de 31 genes dessas proteínas foi aumentada em amostras de adenocarcinoma do pâncreas do The Cancer Genome Atlas (TCGA) quando comparadas às amostras de controle do TCGA e The Genotype-Tissue Expression (GTEx). O valor prognóstico dessas 39 proteínas secretadas para prever o resultado da sobrevida foi confirmado usando dados de expressão gênica de quatro conjuntos de dados do PDAC (conjunto de validação). A expressão gênica dessas proteínas secretadas também foi capaz de distinguir pacientes de alta e baixa sobrevida em nove tipos de tumores adicionais do TCGA, demonstrando que a desregulação dessas proteínas secretadas também pode contribuir para o prognóstico em vários tipos de câncer. Finalmente, comparamos o valor prognóstico das proteínas secretadas identificadas em vários estudos de biomarcadores do PDAC. Essa análise revelou que nossa assinatura genética teve um desempenho semelhante ou melhor do que as assinaturas encontradas em estudos anteriores. Em conclusão, o proteoma e o secretome de tumores e células pancreáticos compartilham 39 proteínas secretadas, e o perfil de expressão gênica do tumor dessas proteínas em pacientes com PDAC está associado a pior sobrevida global.