Diversidade genética do gene HLA-B em populações com diferentes perfis de ancestralidade

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Silva, Nayane dos Santos Brito
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: HLA-B; Variabilidade; NGS; Brasil; Populações mundiais; 1000Genomes; Variability
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/204819

O gene HLA-B é possivelmente o mais variável do genoma humano, com quase oito mil sequências diferentes descritas no banco de dados IPD-IMGT/HLA. Este gene codifica uma molécula fundamental para a apresentação do antígeno aos linfócitos T CD8 + e modulação das células NK. Embora largamente estudado, a maioria dos estudos avaliaram apenas éxons, geralmente negligenciando sequências intrônicas e regulatórias em um contexto populacional. Da mesma forma, muitos dos estudos utilizaram métodos que detectam apenas variantes conhecidas, provavelmente subestimando a variabilidade deste gene. Neste estudo utilizamos um método computacional adequado para avaliar a variabilidade genética do gene HLA-B completo (incluindo todos os éxons, íntrons e regiões regulatórias), a partir de dados de sequenciamento de nova geração em 3.648 amostras de 29 populações mundiais diferentes, em todos os níveis: SNPs, haplótipos, sequências completas e de proteínas codificadas. Foram detectados 610 sítios de variação ao longo do gene HLA-B. A diversidade nucleotídica foi alta nos éxons 1, 2 e 3, e também no íntron 1. A região entre o íntron 3 e o éxon 7 é a mais conservada, com baixa diversidade nucleotídica no éxon 4 e sem nenhuma variante no éxon 6. Detectamos 535 sequências completas do gene HLA-B e 191 sequências codificadoras (apenas éxons), as quais codificam 171 proteínas distintas. Nosso método computacional se mostrou eficaz na obtenção de genótipos e haplótipos acurados do gene HLA-B. A maioria dos SNPs são compartilhados entre todas as populações, enquanto o oposto é observado para os haplótipos e sequências de proteínas. No entanto, essas populações compartilham as mesmas regiões regulatórias. Além disso, a amostra brasileira introduziu novos alelos e aumentou a frequência de alelos raros que estavam presentes no 1000Genomes.