Genômica populacional no estudo da diversidade genética do gênero Rhamdia, com foco no complexo Rhamdia quelen de populações de cultivo e selvagens.

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Magalhães, Carolina de Oliveira
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Diversidade genética; Genômica; Rhamdia; NGS
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/242542

O gênero Rhamdia é composto por bagres neotropicais de ampla distribuição. No sul do Brasil e norte da Argentina eles são encontrados em rios e também produzidos em sistemas semi-intensivos para comercialização, devido à boa qualidade da carne. Estudos descritos na literatura constataram que a taxonomia desse gênero é controversa, sendo as espécies, alvo de constantes realocações. Há hibridação e introgressão, o que caracteriza um complexo de espécies e isso dificulta os estudos de delimitação e filogeografia do gênero. Considerando a importância comercial e ecológica dessas espécies na América do Sul e a escassez de informação genética, o presente estudo visa caracterizar a estrutura genética populacional e identificar padrões de diversidade genética de três espécies do gênero Rhamdia (complexo Rhamdia quelen, Rhamdia voulezi e Rhamdia branneri) em grupos amostrais provenientes de rios e importantes fazendas de peixes do estado de Santa Catarina, Paraná, Rio Grande do Sul, São Paulo e norte da Argentina, utilizando marcadores moleculares do tipo SNPs. Após dupla digestão (ddRADseq), sequenciamento Illumina e filtragens, foram obtidos 1734 loci, distribuídos em 141 indivíduos. Detectou-se baixa diversidade genética nos grupos; para todos os grupos, sendo os indivíduos de cultivo os que possuem menores índices. Os valores de heterozigosidade observada (Ho) e heterozigosidade esperada (He) foram semelhantes, sendo He maior que Ho, exceto em um cultivo. Os valores de Fis foram positivos e significativos em duas pisciculturas, indicando possível endogamia dentro desses grupos. A análise AMOVA indicou que a maior diferenciação genética está entre os indivíduos e não entre os grupos, o que também foi corroborado pela análise de componentes principais. O DAPC mostrou-se coerente com a divisão em 5 grupos, com dois deles mais distantes e o restante formando um aglomerado, inclusive sem a diferenciação dos clusters das espécies. Assim conclui-se que o complexo Rhamdia quelen e as outras espécies aqui estudadas possuem uma certa distância genética, porém são muito relacionados entre si. A baixa diversidade genética e os indícios de endogamia mostram que, tanto os grupos de cultivo quanto os selvagens, estão sujeitos às ações antrópicas que podem modificar a composição genética da população. Corientes, São Paulo e comercial Toledo se diferenciaram dos outros grupos, apesar de possuírem índices de diversidade e endogamia muito parecidos. Essa diferenciação confirma sua distância genética, porém a baixa diversidade e os indícios de endogamia evidenciam a alta taxa de cruzamento entre os indivíduos daquele lugar. Para a piscicultura isso não é necessariamente ruim, porém quando temos a introdução desses indivíduos na natureza é possível que haja contaminação genética dos estoques locais. Dessa maneira, reforçamos a importância de mais estudos de delimitação de espécies e diversidade do complexo Rhamdia quelen e espécies relacionadas, uma vez que são ecologicamente importantes da América do Sul.