Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: PEREIRA, Ádria Diva dos Santos
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: UFRA - Campus Belém
• Palavras-chave em Português: Salminus brasiliensis; Dourado; Marcador molecular; Microssatélites; Sequenciamento genético animal
• Link de acesso: http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266

Salminus brasiliensis é uma espécie endêmica do rio Paraná e Lagoa dos Patos, englobando cinco países que inclui Argentina, Bolívia, Brasil, Paraguai e Uruguai. É uma espécie de grande importância econômica e social na pesca artesanal, de subsistência e esportiva. O presente trabalho objetivou o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites na espécie Salminus brasiliensis. Inicialmente, o genoma da espécie foi obtido por meio do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina. A qualidade das reads foram analisadas pelo programa FastQc. A montagem de novo foi realizada pelos programas SOAPdenovo2 e SPAdes e a mineração de microssatélites realizada utilizando os programas MISA e EasySSR. Para determinação de primers foi utilizado o programa Batchprimers3. O total de reads sequenciadas, foi de 4.119.94 com comprimento de 36-100 pb e Q=39,06. Com o programa SOAPdenovo2 foi obtido um N50=731 e com SPAdes um N50=1649. Os resultados do programa MISA apontaram um total de 56.893 microssatélites, predominando os pentanucleotídeos com 63,7%, e o programa EasySSR o total de microssatélites foi de 29.098, predominando trinucleotídeos com 46,3%. Foram desenhados um total de 89 primers, dentre eles, 80 primers bem-sucedidos. Portanto, através do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina foram desenvolvidos marcadores microssatélites para futuros estudos de polimorfismos genéticos em Salminus brasiliensis, onde também primers foram desenhados e testados in silico para nortear futuras pesquisas.