AAE-DeMo: uma proposta de arquitetura baseada em algoritmos evolutivos para descoberta de Motifs em moléculas biológicas

• Ano de defesa: 2017
• Autor(a) principal: Schmidt, Augusto Garcia
• Orientador(a): Aguiar, Marilton Sanchotene de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Pelotas
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Computação
• Departamento: Centro de Desenvolvimento Tecnológico
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Algoritmos evolutivos; Descoberta de motivos; Bioinformática; Evolutive algorithms; Motifs discovery; Bioinformatics
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
• Link de acesso: http://repositorio.ufpel.edu.br/handle/prefix/3840

Motivos não são entidades aleatórias encontradas em cadeias de DNA, podendo ser definidos como um fenômeno não único dentro de uma sequência genética. Os motivos, além de ter padrões recorrentes nas sequências analisadas, também possuem uma função biológica. Os algoritmos evolutivos são amplamente utilizados para encontrar soluções para otimização e padrões de pesquisa na área de ciência da computação. Encontrar motivos em sequências de genes é um dos problemas mais importantes na bioinformática e pertence à classe NP-Difícil. Portanto, é plausível investigar a hibridação de ferramentas consolidadas, mas limitadas em seu desempenho, em combinação com técnicas de algoritmos evolutivos. Este trabalho tem a premissa de mostrar uma pesquisa das principais técnicas e conceitos de algoritmos evolutivos utilizados na descoberta de padrões (motivos) na em moléculas e também um estudo aprofundado dos principais algoritmos de bioinformática que são utilizados para esta função em recentes anos por pesquisadores. Entende-se que tais técnicas em combinação, podem obter resultados interessantes para pesquisa em bioinformática. Assim, propondo uma arquitetura otimizada para descoberta de motivos em moléculas de regiões promotoras da bactéria. Usando tanto algoritmos evolutivos, como algoritmos de bioinformática e técnicas de refinação de seus principais dados fornecidos pelos algoritmos utilizados. Assim, formando uma arquitetura com melhor desempenho devido à hibridização de ferramentas consolidadas para buscar padrões em expressões genéticas.