Expressão diferencial de genes regulados pelo MYC em linhagens de câncer gástrico

• Ano de defesa: 2018
• Autor(a) principal: PESSOA, Carla Mariana Ferreira
• Orientador(a): BURBANO, Rommel Mario Rodriguéz
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal do Pará
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Oncologia e Ciências Médicas
• Departamento: Núcleo de Pesquisas em Oncologia
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: NGS; Sequenciamento de Nova Geração; SiRNA; MYC; Linhagens celulares; GSEA; KEGG; Câncer gástrico
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE::MEDICINA::CLINICA MEDICA::CANCEROLOGIA
• Link de acesso: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/11266

MYC é um oncogene responsável por crescimento celular excessivo no câncer, permitindo a ativação transcricional de genes envolvidos na regulação do ciclo celular, metabolismo e apoptose, sendo geralmente superexpressado no Câncer Gástrico (CG). Utilizando siRNA e Sequenciamento de Nova Geração (NGS), identificamos Expressão Diferencial de Genes (DEGs) regulados por MYC em três linhagens celulares brasileiras de CG representados pelos subtipos histológicos difuso, intestinal e metastático, e posteriormente integramos esses dados com um enriquecimento gênico computacional com a ferramenta GSEA (Gene Set Enrichment Analysis). Identificamos um total de 5.471 DEGs com uma correlação alta (80%). O silenciamento do MYC por siRNA, nas linhagens celulares de CG dos tipos difuso e metastático causou o aumento da quantidade de DEGs com expressão diminuída, enquanto na linhagem do tipo intestinal exibiu uma maior quantidade de DEGs com um perfil de expressão aumentada. A partir do enriquecimento gênico, utilizando nossas amostras sequenciadas comparando com a coleção hallmark gene sets, foram encontrados 11 conjuntos significativos de genes enriquecidos principalmente nas seguintes categorias de processos: proliferação, via, sinalização metabólica e dano ao DNA. As métricas do escore de enriquecimento, taxa de falsa descoberta e valores de P nominais foram utilizadas. Posteriormente, os DEGs foram enriquecidos nas vias metabólicas da base de dados do KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), e foram encontradas 12 vias enriquecidas que acrescentaram uma diversidade de funções biológicas, e três delas eram comuns a todas as três linhagens celulares de CG: proteólise mediada por ubiquitina, ribossomos, sistema e sinalização de células epiteliais em infecção por Helicobacter pylori. Neste estudo, as linhagens celulares de CG compartilham 14 genes regulados pelo MYC, mas o seu perfil de expressão gênica é diferente para cada subtipo histológico. Portanto, os resultados da análise in silico deste estudo revelaram as assinaturas de expressão relacionadas ao MYC no CG. Com isso, apresentamos evidências de que essas linhagens celulares de CG, representadas pelos subtipos histológicos distintos, têm diferentes perfis de expressão regulados pelo MYC, mas compartilham um núcleo comum de genes com perfis alterados. Esse é um passo importante para o entendimento do papel do MYC na carcinogênese gástrica, e também uma indicação de prováveis novos alvos de drogas em câncer de estômago.