Genômica de Streptococcus pneumoniae pertencentes à linhagem genética emergente 6C/CC386 após a introdução da vacina pneumocócica conjugada 10-valente no Brasil

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Miranda, Filipe Martire de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Streptococcus pneumoniae; Resistência a antimicrobianos; Análise de genoma completo; Epidemiologia molecular; Resistência microbiana a medicamentos; Estudo de associação genômica ampla; Vacinas pneumocócicas; Antibiotic resistance; Whole genome analysis; Molecular epidemiology
• Link de acesso: https://app.uff.br/riuff/handle/1/35300

Em 2010, foi introduzido no Plano Nacional de Imunização a vacina pneumocócica conjugada 10-valente (VPC10), a qual protege contra 10 sorotipos de Streptoccocus pneumoniae. Estudos realizados em 2014, na cidade de Niterói/RJ, reportaram uma queda na colonização infantil por sorotipos vacinais, mas um aumento por sorotipos não-vacinais, um fenômeno conhecido como serotype replacement. Dentre os sorotipos emergentes, destacou-se o 6C, cuja linhagem genética predominante era o ST386, possuindo multirresistência a antimicrobianos. Em 2019, um novo estudo, nos mesmos moldes, destacou a contínua prevalência do sorotipo 6C, porém sem indicar as linhagens genéticas circulantes. Este trabalho teve como objetivos identificar as linhagens genéticas do sorotipo 6C circulantes em 2019 e analisar o genoma completo de amostras da linhagem ST386 de Streptococcus pneumoniae após a introdução da vacina pneumocócica conjugada 10-valente no Brasil. As linhagens genéticas das 16 amostras do sorotipo 6C de 2019 foram identificadas pelo método do MLST. O sequenciamento de genoma completo foi feito através da plataforma Illumina, para todas as 15 amostras de 2014. A montagem, anotação e análise filogenômica foram realizadas através da plataforma BV-BRC. Os resistomas foram analisados pelo CARD, os virulomas pelo VFDB e os profagos pelo PHASTEST. Testes de hipótese bivariada foram realizados pelo site Vassarstats. O ST386 predominou em 2019, sendo encontrado em dez das 16 amostras do sorotipo 6C. Ao todo 15 amostras do CC386 de 2014 foram sequenciadas. Os resistomas apresentaram 7 genes de resistência, com destaque para o erm(B) e o tet(M). Os virulomas apresentaram 31 genes de virulência, com exceção de quatro amostras: três sem o gene cbpA e uma sem o gene piaA. Ao todo, foram identificadas vinte regiões de profago, representadas por três fagos distintos. Dos dois grupos identificados pela análise filogenômica (A e B), somente o primeiro apresentou amostras PCV2014, as quais foram distribuídas em dois subgrupos A1 e A2. Apenas o subgrupo A2 demonstrou associação a um fator clínico ou socioeconômico, no caso, a presença de doença respiratória crônica nos voluntários. Foi evidenciada a contínua prevalência da linhagem ST386 na colonização infantil, em Niterói. Apesar de pertencerem ao mesmo ST, as análises realizadas com as amostras de 2014 já apontam para um processo de diferenciação em curso. O monitoramento sistemático de sorotipos e linhagens genéticas predominantes continua imprescindível para avaliar os efeitos das vacinas pneumocócicas conjugadas na população