Avaliação de protocolos de extração de DNA empregados na detecção de Trypanosoma cruzi Chagas, 1909 por PCR em triatomíneos

• Ano de defesa: 2010
• Autor(a) principal: Neves, Vanessa da Costa
• Orientador(a): Junqueira, Angela Cristina Verissimo
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Link de acesso: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/13500

A automatização da Reação em Cadeia da Polimerase (PRC) abriu uma nova perspectiva no diagnóstico do Trypanossoma Cruzi tanto em amostras clínicas humanas, como na identificação do parasita em seus vetores e reservatórios. Para a realização da PCR é necessária a realização da extração do DNA (pré-etapa da amplificação), onde o ácido nucléico é liberado e purificado a partir da amostra biológica, tendo como condição ideal a obtenção de um DNA puro e em altas concentrações. Este trabalho visou avaliar o desempenho de protocolos de extração de DNA descritos na literatura científica, através dos seguintes parâmetros: concentração de DNA, grau de pureza, PCR (ampliação de uma seqüência de DNA específica), reprodutibilidade, praticidade e custo. Foram testados 12 protocolos, cujos critérios de seleção foram \201Cmétodos de extração de DNA in house de espécimes do Filo Arthropoda\201D e \201Ckits e/ou preparados comerciais mais citados na literatura científica no período de janeiro de 2002 a julho de 2009\201D. A extração foi realizada em exemplares da espécie Rhodnius brethesi infectados através de experimentos de reconstituição (infecção artificial) com 3 concentrações distintas de T. cruzi (1, 10 e 100 parasitas por amostra extraída). Os melhores resultados nos parâmetros concentração de DNA, grau de pureza e PCR, foram apresentados pelos protocolos 08 (in house) e 09 (QIAamp DNA Stool Mini Kit, Marca Qiagen, nº de cat 51504), tendo o protocolo 08 mostrado maior concentração estimada de DNA total e um maior número de amostras com valores dentro da faixa de pureza, em relação ao protocolo 09 e a todos os outros protocolos testados Atribuímos essa melhor performance a uma associação eficiente entre número de etapas de purificação e os componentes do tampão de lise. Em relação aos parâmetros custo e praticidade, o protocolo 09 (kit) revelou ser o mais econômico e demandar menos tempo na sua execução total, comparado ao protocolo 08. Dentro do questionário de opinião, que apontou grau de pureza como parâmetro mais importante, o protocolo mais indicado para extração de amostras a partir de triatomíneos foi o protocolo 08. Assim, dois protocolos podem ser indicados: o 08 e o 09. Dos seis parâmetros analisados, os valores de estimativa de concentração de DNA, obtidos como método da espectrofotometria, apresentaram-se discrepantes; devido a isso não indicamos esse método para avaliar o parâmetro concentração.