A distributed computation of Interpro Pfam, PROSITE and ProDom for protein annotation
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| Autor principal: | |
|---|---|
| Fecha de Publicación: | 2005 |
| Otros Autores: | , , , , , , |
| Formato: | Article |
| Lenguaje: | eng |
| Fuente: | Repositório Institucional da UnB |
| Download full: | http://repositorio.unb.br/handle/10482/32103 |
Sumario: | Interpro is a widely used tool for protein annotation in genome sequencing projects, demanding a large amount of computation and representing a huge time-consuming step. We present a strategy to execute programs using databases Pfam, PROSITE and ProDom of Interpro in a distributed environment using a Java-based messaging system. We developed a two-layer scheduling architecture of the distributed infrastructure. Then, we made experiments and analyzed the results. Our distributed system gave much better results than Interpro Pfam, PROSITE and ProDom running in a centralized platform. This approach seems to be appropriate and promising for highly demanding computational tools used for biological applications. |
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