FunExpression: Um pipeline automatizado para análise de expressão diferencial de genes de fungos utilizando dados brutos de bulk RNA-Seq

Bibliographic Details
Main Author: Sousa, Adeonita
Publication Date: 2024
Format: Bachelor thesis
Language: por
Source: Saber Aberto – Repositório Institucional da UNEB
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Download full: https://saberaberto.uneb.br/handle/20.500.11896/7089
Summary: A análise de expressão diferencial de genes desempenha um papel crucial na compreensão de processos biológicos complexos e na identificação de potenciais alvos terapêuticos. Este trabalho apresenta o FunExpression, um pipeline desenvolvido com base nas ferramentas mais precisas para a análise de expressão diferencial de genes utilizando dados brutos de RNA-Seq bulk. O FunExpression possui uma arquitetura robusta, de fácil manutenção e alta reprodutibilidade, graças à utilização de contêineres Docker para gerenciamento e execução de ambientes computacionais. O pipeline foi projetado para ser intuitivo e acessível, permitindo que os usuários realizem análises complexas de forma simples por meio de uma interface web, independentemente de sua localização ou capacidade computacional. Ele é composto pelas seguintes etapas: corte com Trimmomatic, alinhamento com RNA STAR, contagem com HTSeq e, por fim, análise de expressão diferencial de genes com DESeq2. O desempenho do FunExpression foi avaliado em cinco conjuntos de dados de RNA-Seq extraídos de dois artigos de referência. Os resultados gerados pelo pipeline foram similares aos descritos nos artigos. No entanto, o FunExpression demonstrou ser mais minucioso em comparação com o pipeline utilizado em um dos artigos avaliados, revelando diversos DEGs que não foram identificados no estudo original. Este trabalho, portanto, oferece uma ferramenta útil e eficaz para pesquisadores interessados em explorar a expressão gênica em diferentes condições biológicas. O código-fonte do FunExpression está disponível em: https://github.com/Adeonita/funexpression.
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spelling FunExpression: Um pipeline automatizado para análise de expressão diferencial de genes de fungos utilizando dados brutos de bulk RNA-SeqFunExpression: An Automated Pipeline for Differential Gene Expression Analysis of Fungi Using Raw Bulk RNA-Seq DataFunExpressionRNA-Seqanálise de expressão diferencialbulkDEGspipelineA análise de expressão diferencial de genes desempenha um papel crucial na compreensão de processos biológicos complexos e na identificação de potenciais alvos terapêuticos. Este trabalho apresenta o FunExpression, um pipeline desenvolvido com base nas ferramentas mais precisas para a análise de expressão diferencial de genes utilizando dados brutos de RNA-Seq bulk. O FunExpression possui uma arquitetura robusta, de fácil manutenção e alta reprodutibilidade, graças à utilização de contêineres Docker para gerenciamento e execução de ambientes computacionais. O pipeline foi projetado para ser intuitivo e acessível, permitindo que os usuários realizem análises complexas de forma simples por meio de uma interface web, independentemente de sua localização ou capacidade computacional. Ele é composto pelas seguintes etapas: corte com Trimmomatic, alinhamento com RNA STAR, contagem com HTSeq e, por fim, análise de expressão diferencial de genes com DESeq2. O desempenho do FunExpression foi avaliado em cinco conjuntos de dados de RNA-Seq extraídos de dois artigos de referência. Os resultados gerados pelo pipeline foram similares aos descritos nos artigos. No entanto, o FunExpression demonstrou ser mais minucioso em comparação com o pipeline utilizado em um dos artigos avaliados, revelando diversos DEGs que não foram identificados no estudo original. Este trabalho, portanto, oferece uma ferramenta útil e eficaz para pesquisadores interessados em explorar a expressão gênica em diferentes condições biológicas. O código-fonte do FunExpression está disponível em: https://github.com/Adeonita/funexpression.The differential gene expression analysis plays a crucial role in understanding complex biological processes and identifying potential therapeutic targets. This work presents FunExpression, a pipeline developed using the most accurate tools for differential gene expression analysis with bulk RNA-Seq raw data. FunExpression features a robust architecture, easy maintenance, and high reproducibility, thanks to the use of Docker containers for computational environment management and execution. The pipeline was designed to be intuitive and accessible, enabling users to perform complex analyses effortlessly through a web interface, regardless of their location or computational capacity. It comprises the following steps: trimming with Trimmomatic, alignment with RNA STAR, counting with HTSeq, and, finally, differential gene expression analysis with DESeq2. FunExpression’s performance was evaluated on five RNA-Seq datasets derived from two reference articles. The results generated by the pipeline were similar to those described in the articles. However, FunExpression proved to be more thorough compared to the pipeline used in one of the evaluated articles, uncovering several DEGs that were not identified in the original study. This work, therefore, provides a useful and effective tool for researchers interested in exploring gene expression under different biological conditions. The FunExpression source code is available at: https://github.com/Adeonita/funexpression.Universidade do Estado da BahiaColegiado de Sistemas de InformaçãoLenz, AlexandreRestovic, Maria InésFonseca, VagnerSousa, Adeonita2025-01-08T15:33:54Z2025-01-08T15:33:54Z2024-12-18info:eu-repo/semantics/bachelorThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfapplication/pdfSOUSA, Adeonita dos Santos. FunExpression: Um pipeline automatizado para análise de expressão diferencial de genes de fungos utilizando dados brutos de bulk RNA-Seq. Orientador: Alexandre Rafael Lenz. 2024. 87f. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Sistemas de Informação) - Departamento de Ciências Exatas e da Terra, Campus I, Universidade do Estado da Bahia. Salvador-BA, 2024.https://saberaberto.uneb.br/handle/20.500.11896/7089ark:/31471/0013000006hbcporinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Saber Aberto – Repositório Institucional da UNEBinstname:Universidade do Estado da Bahia (UNEB)instacron:UNEB2025-01-09T06:00:30Zoai:saberaberto.uneb.br:20.500.11896/7089Repositório InstitucionalPUBhttps://saberaberto.uneb.br/server/oai/requestrepositorio@uneb.br || sisb@uneb.bropendoar:2025-01-09T06:00:30Saber Aberto – Repositório Institucional da UNEB - Universidade do Estado da Bahia (UNEB)false
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