FunExpression: Um pipeline automatizado para análise de expressão diferencial de genes de fungos utilizando dados brutos de bulk RNA-Seq - Sousa, Adeonita (2024)
A análise de expressão diferencial de genes desempenha um papel crucial na compreensão de processos biológicos complexos e na identificação de potenciais alvos terapêuticos. Este trabalho apresenta o FunExpression, um pipeline desenvolvido com base nas ferramentas mais precisas para a análise de expressão diferencial de genes utilizando dados brutos de RNA-Seq bulk. O FunExpression possui uma arquitetura robusta, de fácil manutenção e alta reprodutibilidade, graças à utilização de contêineres Docker para gerenciamento e execução de ambientes computacionais. O pipeline foi projetado para ser intuitivo e acessível, permitindo que os usuários realizem análises complexas de forma simples por meio de uma interface web, independentemente de sua localização ou capacidade computacional. Ele é composto pelas seguintes etapas: corte com Trimmomatic, alinhamento com RNA STAR, contagem com HTSeq e, por fim, análise de expressão diferencial de genes com DESeq2. O desempenho do FunExpression foi avaliado em cinco conjuntos de dados de RNA-Seq extraídos de dois artigos de referência. Os resultados gerados pelo pipeline foram similares aos descritos nos artigos. No entanto, o FunExpression demonstrou ser mais minucioso em comparação com o pipeline utilizado em um dos artigos avaliados, revelando diversos DEGs que não foram identificados no estudo original. Este trabalho, portanto, oferece uma ferramenta útil e eficaz para pesquisadores interessados em explorar a expressão gênica em diferentes condições biológicas. O código-fonte do FunExpression está disponível em: https://github.com/Adeonita/funexpression.