Use of commensal streptococci to prevent pneumococcal colonization
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Publication Date: | 2020 |
Format: | Master thesis |
Language: | eng |
Source: | Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) |
Download full: | http://hdl.handle.net/10362/92372 |
Summary: | RESUMO: Streptococcus pneumoniae (pneumococo) coloniza o trato respiratório superior, sendo uma das principais causas de otite média, pneumonia, bacterémia e meningite. Atualmente utilizam-se vacinas e antibióticos para prevenir ou tratar infeções causadas por pneumococos. As vacinas pneumocócicas conjugadas têm uma valência limitada, sendo eficazes apenas contra alguns serotipos. Os antibióticos têm um espectro de ação alargado e a sua utilização afeta a microbiota e contribui para o aumento da resistência aos antimicrobianos. Assim, é desejável o desenvolvimento de novas estratégias para combater o pneumococo. S. pneumoniae co-coloniza frequentemente o trato respiratório com outros estreptococos. A dinâmica de colonização é afetada por vários factores como a competição entre espécies. O objetivo desta tese foi a caracterização de sete estirpes de estreptococos comensais, (estirpes A-G) que se verificou terem atividade inibitória contra Streptococcus pneumoniae. Realizou-se a sequenciação do genoma das sete estirpes o que permitiu a sua identificação ao nível da espécie e a pesquisa in silico de regiões genómicas relacionadas com a produção de bacteriocinas. Concluiu-se que a estirpe A pertence à espécie S. oralis e as estirpes B-G à espécie S. mitis. Foram encontrados três tipos de loci de bacteriocinas: blp, estreptococcina e lantibiótico. Estes loci foram caracterizados quanto ao seu conteúdo genético, organização e diversidade. De modo a determinar se os produtos excretados pelas sete estirpes tinham actividade inibitória, os sobrenadantes foram testados contra uma estirpe controlo de S. pneumoniae. Todos os sobrenadantes de S. mitis inibiram esta estirpe. Por fim, efectuou-se a deleção de parte do locus de bacteriocinas blp B1.1 da estirpe F. O perfil inibitório do mutante foi avaliado contra uma coleção de pneumococos previamente testada. Em todos os ensaios observou-se a perda ou atenuação do perfil inibitório. Estes resultados demonstram que o locus blp duma estirpe comensal de estreptococos codifica bacteriocinas ativas contra Streptococcus pneumoniae. |
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Use of commensal streptococci to prevent pneumococcal colonizationEstreptococosComensalInteração entre espéciesBacteriocinasStreptococcusCommensalInterspecies interactionsBacteriocinsCiências MédicasRESUMO: Streptococcus pneumoniae (pneumococo) coloniza o trato respiratório superior, sendo uma das principais causas de otite média, pneumonia, bacterémia e meningite. Atualmente utilizam-se vacinas e antibióticos para prevenir ou tratar infeções causadas por pneumococos. As vacinas pneumocócicas conjugadas têm uma valência limitada, sendo eficazes apenas contra alguns serotipos. Os antibióticos têm um espectro de ação alargado e a sua utilização afeta a microbiota e contribui para o aumento da resistência aos antimicrobianos. Assim, é desejável o desenvolvimento de novas estratégias para combater o pneumococo. S. pneumoniae co-coloniza frequentemente o trato respiratório com outros estreptococos. A dinâmica de colonização é afetada por vários factores como a competição entre espécies. O objetivo desta tese foi a caracterização de sete estirpes de estreptococos comensais, (estirpes A-G) que se verificou terem atividade inibitória contra Streptococcus pneumoniae. Realizou-se a sequenciação do genoma das sete estirpes o que permitiu a sua identificação ao nível da espécie e a pesquisa in silico de regiões genómicas relacionadas com a produção de bacteriocinas. Concluiu-se que a estirpe A pertence à espécie S. oralis e as estirpes B-G à espécie S. mitis. Foram encontrados três tipos de loci de bacteriocinas: blp, estreptococcina e lantibiótico. Estes loci foram caracterizados quanto ao seu conteúdo genético, organização e diversidade. De modo a determinar se os produtos excretados pelas sete estirpes tinham actividade inibitória, os sobrenadantes foram testados contra uma estirpe controlo de S. pneumoniae. Todos os sobrenadantes de S. mitis inibiram esta estirpe. Por fim, efectuou-se a deleção de parte do locus de bacteriocinas blp B1.1 da estirpe F. O perfil inibitório do mutante foi avaliado contra uma coleção de pneumococos previamente testada. Em todos os ensaios observou-se a perda ou atenuação do perfil inibitório. Estes resultados demonstram que o locus blp duma estirpe comensal de estreptococos codifica bacteriocinas ativas contra Streptococcus pneumoniae.ABSTRACT:Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) colonizes the upper respiratory tract, and is a leading cause of otitis media, pneumonia, bacteremia and meningitis. Vaccines and antibiotics are used to fight this pathobiont. The pneumococcal conjugate vaccines are restricted in valency, being efficient against certain serotypes; antibiotics, have broad-spectrum activities, affecting the microbiota and selecting for resistance. Consequently, novel strategies are needed to complement the existing ones. S. pneumoniae frequently co-colonize the respiratory tract together with other streptococci. Colonization dynamics is affected by several factors such as interspecies competition. The goal of this thesis was the characterization of seven commensal streptococcal strains, strains A-G, with high inhibitory activity against Streptococcus pneumoniae. Whole-genome sequencing of the seven candidate strains enabled species identification and in silico search of bacteriocin-related loci. Strain A was classified as S. oralis and strains B-G as S. mitis. Three types of bacteriocin-related loci were found: blp, streptococcin and lantibiotic. These loci were further characterized in genetic content, organization and diversity. In order to determine if excreted products of the seven candidate strains had inhibitory activity, the strains supernatants were tested against a control pneumococcal strain. All supernatants of the S. mitis strains inhibited the strain. Finally, we deleted the bacteriocin and immunity region of the B1.1. blp locus of strain F. The mutant strain inhibitory profile was evaluated against a previously tested pneumococcal collection. In all assays, there was a loss or attenuation of the inhibitory profile. Our results demonstrate that a blp locus from a commensal streptococcal strain encodes for bacteriocins active against Streptococcus pneumoniae.Sá-Leão, RaquelRUNFerreira, Bárbara Miranda2022-10-14T00:31:28Z2020-01-142020-02-072020-01-14T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/92372TID:202424480enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)instname:FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiainstacron:RCAAP2024-05-22T17:43:23Zoai:run.unl.pt:10362/92372Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireinfo@rcaap.ptopendoar:https://opendoar.ac.uk/repository/71602025-05-28T17:14:42.793751Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) - FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiafalse |
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RESUMO: Streptococcus pneumoniae (pneumococo) coloniza o trato respiratório superior, sendo uma das principais causas de otite média, pneumonia, bacterémia e meningite. Atualmente utilizam-se vacinas e antibióticos para prevenir ou tratar infeções causadas por pneumococos. As vacinas pneumocócicas conjugadas têm uma valência limitada, sendo eficazes apenas contra alguns serotipos. Os antibióticos têm um espectro de ação alargado e a sua utilização afeta a microbiota e contribui para o aumento da resistência aos antimicrobianos. Assim, é desejável o desenvolvimento de novas estratégias para combater o pneumococo. S. pneumoniae co-coloniza frequentemente o trato respiratório com outros estreptococos. A dinâmica de colonização é afetada por vários factores como a competição entre espécies. O objetivo desta tese foi a caracterização de sete estirpes de estreptococos comensais, (estirpes A-G) que se verificou terem atividade inibitória contra Streptococcus pneumoniae. Realizou-se a sequenciação do genoma das sete estirpes o que permitiu a sua identificação ao nível da espécie e a pesquisa in silico de regiões genómicas relacionadas com a produção de bacteriocinas. Concluiu-se que a estirpe A pertence à espécie S. oralis e as estirpes B-G à espécie S. mitis. Foram encontrados três tipos de loci de bacteriocinas: blp, estreptococcina e lantibiótico. Estes loci foram caracterizados quanto ao seu conteúdo genético, organização e diversidade. De modo a determinar se os produtos excretados pelas sete estirpes tinham actividade inibitória, os sobrenadantes foram testados contra uma estirpe controlo de S. pneumoniae. Todos os sobrenadantes de S. mitis inibiram esta estirpe. Por fim, efectuou-se a deleção de parte do locus de bacteriocinas blp B1.1 da estirpe F. O perfil inibitório do mutante foi avaliado contra uma coleção de pneumococos previamente testada. Em todos os ensaios observou-se a perda ou atenuação do perfil inibitório. Estes resultados demonstram que o locus blp duma estirpe comensal de estreptococos codifica bacteriocinas ativas contra Streptococcus pneumoniae. |
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