Export Ready — 

Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode

Bibliographic Details
Main Author: Mendes, André Vieira
Publication Date: 2022
Format: Master thesis
Language: eng
Source: Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
Download full: http://hdl.handle.net/10400.5/27508
Summary: Mestrado em Biologia dos Recursos Vegetais / Instituto Superior de Agronomia / Faculdade de Ciências. Universidade de Lisboa
id RCAP_5c9502044aed6d86d03595909ece8235
oai_identifier_str oai:repositorio.ulisboa.pt:10400.5/27508
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
repository_id_str https://opendoar.ac.uk/repository/7160
spelling Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematodeendogenous reference miRNAsPine Wilt DiseasePinus pinasterposttranscriptional regulationRT-qPCRdoença da murchidão do pinheiromicroRNAs endógenos de referênciaPinus pinasterregulação pós-transcricionalRT-qPCRMestrado em Biologia dos Recursos Vegetais / Instituto Superior de Agronomia / Faculdade de Ciências. Universidade de LisboaPine wilt disease (PWD), caused by the pinewood nematode (PWN) Bursaphelenchus xylophilus, is a serious threat to coniferous forests worldwide. Post-transcriptional regulation of gene expression by microRNAs (miRNAs) plays important roles during plant-pathogen interactions. Recently, a few miRNAs have been identified as differentially expressed between PWD resistant and susceptible maritime pine (Pinus pinaster Ait.) plants. The aim of this work was to further characterize the expression patterns of four of these miRNAs during early stages of PWN infection and evaluate how they relate with maritime pine responses. P. pinaster 4-year-old plants from half-sib families previously characterized regarding their predicted survival mean to PWN, were inoculated and symptom development was recorded. Stem samples were collected before (0 hours) and at 24, 48 and 72 hours post inoculation. After RNA extraction, reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) data was obtained for quantification of miRNA expression in susceptible, resistant and control plant stem samples. First, reference miRNAs for normalization of expression data were identified using well-established algorithms. Then, a step toward functional characterization of the potentially defense-related P. pinaster miR166h, miR951f, miR3627m and Novel_110 was given by comparing their expression patterns along time between resistant and susceptible plants. The results show that miR11532_4 and miR396_48 are good reference miRNAs, being more appropriate than currently used reference genes. Expression analysis suggests the potential contribution of miR166h and miR951f upregulation to inefficient activation of susceptible plants’ immunity, as well as the possible involvement of Novel_110 in cell wall reinforcement of resistant genotypes. Furthermore, the potential regulation of oxidoreductase activity by miR3627m is discussed. Overall, valuable information on post-transcriptional regulation of maritime pine response to PWD was obtained, although further functional characterization of these miRNAs is needed. Ultimately, this knowledge might be helpful for breeding programs that aim at developing resistant P. pinaster plants.A Doença da Murchidão do Pinheiro (DMP), causada pelo nemátode da madeira do pinheiro (NMP) Bursaphelenchus xylophilus, representa uma ameaça para as florestas de coníferas. A regulação pós-transcricional da expressão génica por microRNAs (miRNAs) é essencial nas interações planta-patógeno. Recentemente, foram identificados alguns miRNAs diferencialmente expressos entre plantas de pinheiro-bravo (Pinus pinaster Ait.) resistentes e suscetíveis à DMP. O objetivo deste trabalho foi, então, caracterizar os padrões de expressão de quatro desses miRNAs nas fases iniciais da infeção com NMP. Plantas de P. pinaster com 4 anos de idade pertencentes a famílias de meios-irmãos previamente caracterizadas foram inoculadas com NMPs, registando-se o aparecimento de sintomas ao longo do tempo. Recolheram-se amostras de caule antes da infeção (0 horas) e às 24, 48 e 72 horas após a inoculação. Após extração de RNA e síntese de cDNA, quantificou-se a expressão de miRNAs em amostras de plantas suscetíveis, resistentes e controlo através de PCR quantitativo (RT-qPCR). Inicialmente, foram identificados miRNAs de referência para normalização de dados de expressão através de algoritmos convencionais. Em seguida, compararam-se os padrões de expressão ao longo do tempo de miRNAs potencialmente envolvidos na defesa do pinheiro-bravo à DMP (miR166h, miR951f, miR3627m e Novel_110). Os resultados obtidos revelam que o miR11532_4 e miR396_48 são bons miRNAs de referência e mais apropriados do que genes tipicamente usados. A análise de expressão sugere que um aumento do miR166h e miR951f possa contribuir para a fraca imunidade em plantas suscetíveis, juntamente com um possível envolvimento do Novel_110 no reforço das paredes celulares em genótipos resistentes. É também discutida a potencial regulação da atividade de oxirredução pelo miR3627m. Em resumo, obtiveram-se informações relevantes sobre a regulação pós-transcricional da resposta do pinheiro-bravo à DMP. Este conhecimento pode ser útil para programas de melhoramento que visam o desenvolvimento de plantas resistentes de P. pinaster.Instituto Superior de Agronomia. Universidade de LisboaMiguel, Célia Maria Romba RodriguesCastro, Dora Cristina Vicente Batista Lyon deRepositório da Universidade de LisboaMendes, André Vieira2023-03-24T17:16:23Z20222022-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10400.5/27508TID:203747623engMendes, A. V. - Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode. Lisboa: : ISA-Universidade de Lisboa, 2022. Dissertação de Mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)instname:FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiainstacron:RCAAP2025-03-17T16:05:52Zoai:repositorio.ulisboa.pt:10400.5/27508Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireinfo@rcaap.ptopendoar:https://opendoar.ac.uk/repository/71602025-05-29T04:02:37.419720Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) - FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiafalse
dc.title.none.fl_str_mv Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
title Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
spellingShingle Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
Mendes, André Vieira
endogenous reference miRNAs
Pine Wilt Disease
Pinus pinaster
posttranscriptional regulation
RT-qPCR
doença da murchidão do pinheiro
microRNAs endógenos de referência
Pinus pinaster
regulação pós-transcricional
RT-qPCR
title_short Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
title_full Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
title_fullStr Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
title_full_unstemmed Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
title_sort Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode
author Mendes, André Vieira
author_facet Mendes, André Vieira
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Miguel, Célia Maria Romba Rodrigues
Castro, Dora Cristina Vicente Batista Lyon de
Repositório da Universidade de Lisboa
dc.contributor.author.fl_str_mv Mendes, André Vieira
dc.subject.por.fl_str_mv endogenous reference miRNAs
Pine Wilt Disease
Pinus pinaster
posttranscriptional regulation
RT-qPCR
doença da murchidão do pinheiro
microRNAs endógenos de referência
Pinus pinaster
regulação pós-transcricional
RT-qPCR
topic endogenous reference miRNAs
Pine Wilt Disease
Pinus pinaster
posttranscriptional regulation
RT-qPCR
doença da murchidão do pinheiro
microRNAs endógenos de referência
Pinus pinaster
regulação pós-transcricional
RT-qPCR
description Mestrado em Biologia dos Recursos Vegetais / Instituto Superior de Agronomia / Faculdade de Ciências. Universidade de Lisboa
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022
2022-01-01T00:00:00Z
2023-03-24T17:16:23Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10400.5/27508
TID:203747623
url http://hdl.handle.net/10400.5/27508
identifier_str_mv TID:203747623
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv Mendes, A. V. - Characterization of microRNAs implicated in maritime pine resistance to pinewood nematode. Lisboa: : ISA-Universidade de Lisboa, 2022. Dissertação de Mestrado
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Instituto Superior de Agronomia. Universidade de Lisboa
publisher.none.fl_str_mv Instituto Superior de Agronomia. Universidade de Lisboa
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
instname:FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia
instacron:RCAAP
instname_str FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
collection Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
repository.name.fl_str_mv Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) - FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia
repository.mail.fl_str_mv info@rcaap.pt
_version_ 1833601922399993856

Similar Items