Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular

Bibliographic Details
Main Author: Gregório, Carla Alexandra Marques
Publication Date: 2012
Format: Master thesis
Language: por
Source: Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
Download full: http://hdl.handle.net/1822/27882
Summary: Dissertação de mestrado em Engenharia Informática
id RCAP_1cd437d6d043bae36c73a00c7cee2f28
oai_identifier_str oai:repositorium.sdum.uminho.pt:1822/27882
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
repository_id_str https://opendoar.ac.uk/repository/7160
spelling Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular577.2:681.3681.3:577.2616-008.857Dissertação de mestrado em Engenharia InformáticaA Polineuropatia Amiloidótica Familiar, mais conhecida em Portugal por Doença dos Pezinhos ou por Paramiloidose, é uma doença incurável, apresentando uma rápida evolução e podendo conduzir à morte do paciente. Esta patologia é desencadeada por um processo de desnaturação da Transtirretina (TTR) – uma proteína produzida pelo organismo humano – que provoca a acumulação de elevadas quantidades de substâncias fibrilares da proteína mutada em diversos tecidos. Esta acumulação condiciona o normal funcionamento do organismo. A dinâmica molecular é uma técnica de simulação computacional que permite derivar os diferentes estados de desnaturação da TTR. Foram efetuadas diferentes simulações de desnaturação proteica representando diferentes condições iniciais sobre a TTR e uma sua variante mais amiloidogénica (Leu55Pro). Destas simulações foram consideradas dez para aplicação de algoritmos de Graph Mining da biblioteca ParMol, para extração de subgrafos (fragmentos). Os fragmentos foram posteriormente organizados em grupos conforme a zona da proteína em que se encontram. Estes fragmentos são a base dos caminhos de desnaturação. O objetivo desta tese é o desenvolvimento de uma ferramenta de visualização que permita o estudo do fluxo de evolução da TTR ao longo das simulações de desnaturação. Nomeadamente pretende-se identificar as interações entre resíduos que compõem a TTR e comandam o processo de desnaturação. A ferramenta (Subgraph Paths) permite a visualização e análise não só dos fragmentos extraídos mas também dos caminhos de folding/unfolding associados a estes. Um caminho é uma trajetória de evolução de um fragmento ao longo do tempo numa simulação. Esta evolução pode ser composta por momentos de expansão e de retração do fragmento, em termos de ganhos ou perdas de ligações. Outro conceito importante abordado na dissertação é o de procura de caminhos noutras simulações. A procura permite expor semelhanças e diferenças no comportamento dos resíduos entre simulações de diferentes variantes da proteína.Azevedo, Paulo J.Universidade do MinhoGregório, Carla Alexandra Marques2012-12-052012-12-05T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/1822/27882porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)instname:FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiainstacron:RCAAP2024-05-11T07:40:27Zoai:repositorium.sdum.uminho.pt:1822/27882Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireinfo@rcaap.ptopendoar:https://opendoar.ac.uk/repository/71602025-05-28T16:35:37.735957Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) - FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiafalse
dc.title.none.fl_str_mv Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
title Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
spellingShingle Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
Gregório, Carla Alexandra Marques
577.2:681.3
681.3:577.2
616-008.857
title_short Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
title_full Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
title_fullStr Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
title_full_unstemmed Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
title_sort Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
author Gregório, Carla Alexandra Marques
author_facet Gregório, Carla Alexandra Marques
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Azevedo, Paulo J.
Universidade do Minho
dc.contributor.author.fl_str_mv Gregório, Carla Alexandra Marques
dc.subject.por.fl_str_mv 577.2:681.3
681.3:577.2
616-008.857
topic 577.2:681.3
681.3:577.2
616-008.857
description Dissertação de mestrado em Engenharia Informática
publishDate 2012
dc.date.none.fl_str_mv 2012-12-05
2012-12-05T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/1822/27882
url http://hdl.handle.net/1822/27882
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
instname:FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia
instacron:RCAAP
instname_str FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
collection Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
repository.name.fl_str_mv Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) - FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia
repository.mail.fl_str_mv info@rcaap.pt
_version_ 1833596043011293184

Similar Items