Alinhamento de seqüências biológicas

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2003
Autor(a) principal: Brito, Rogério Theodoro de
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20210729-133434/
Resumo: Uma das tarefas mais básicas em Biologia Computacional é fazer a comparação de seqÜências de espécies que estejam em estudo. Uma das maneiras de fazer a comparação é pela construção de um alinhamento das seqüências de interesse. Alinhamentos de seüências biológicas são ferramentas que, além de serem usadas para análise de regiões conservadas e de regiões que sofreram mutações em seqüências homólogas, também servem como ponto de partida para outras aplicações em Biologia Computacional, como o estudo de estruturas secundárias de proteínas e a construção de árvores filogenéticas. Na dissertação procuramos abranger os resultados teóricos conhecidos mais importantes sobre alinhamentos de seqüências. Nela apresentamos, inicialmente, uma introdução ao conceito de alinhamentos de seqüências e aos algoritmos básicos para a busca de alinhamentos ótimos. Mostramos também que, em geral, o problema de encontrar um alinhamento ótimo de várias seqüências é NP-difícil e, além disso, exibimos dois algoritmos de aproximação para o problema. Finalmente, damos uma descrição de modelos estatísticos chamados Modelos de Markov de Estados Ocultos (em inglês, Hidden Markov Models), que possuem amplas aplicações e que podem ser usados para a construção de alinhamentos de várias seqüências. Nosso objetivo com a dissertação é fazer uma discussão em língua portuguesa que seja detalhada, unificada, clara e bastante acessível de aspectos computacionais do problema de busca de alinhamentos que figuram apenas em artigos científicos e que são freqüentemente omitidos em livros-texto