Modelos discretos para sistemas de sinalização celular baseados no contato célula-célula

• Ano de defesa: 2008
• Autor(a) principal: Rozante, Luiz Carlos da Silva
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Bioinformática
• Link de acesso: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114549/

Sinalização justácrina é um tipo de sinalização celular, no qual tanto o receptor do sinal (geralmente uma proteína) quanto o ligante (também geralmente uma proteína, responsável pela ativação do receptor) estão ancorados nas membranas plasmáticas, de modo que nesse tipo de sinalização a ativação do receptor depende do contato direto entre as membranas das células envolvidas. Sinalização justácrina está presente em diversos e importantes eventos celulares de vários organismos, em especial no processo de desenvolvimento. Propomos um modelo formal genérico (um framework de modelagem) para sistemas de sinalização justácrina, que é uma classe de sistemas dinâmicos discretos. Ele possui características desejáveis em um bom framework de modelagem, tais como: a) similaridade estrutural com modelos biológicos normalmente utilizados, b) capacidade de representação modular de sistemas de sinalização, c) capacidade de operar em diferentes escalas de tempo e d) capacidade de tratar explicitamente tanto os eventos e elementos moleculares que ocorrem na membrana, quanto aqueles que ocorrem no meio intracelular e que estão envolvidos no processo de sinalização justácrina. Propomos um método para identificação de padrões celulares, modulados por interações justácrinas, via o cálculo de atratores em uma subclasse desse framework constituída de sistemas dinâmicos discretos finitos. Desenvolvemos um software de suporte a modelagem e à análise de sistemas de sinalização justácrina neste framework que incorpora o método proposto de identificação de padrões celulares.