Caracterização fenotípica e molecular da resistência antimicrobiana e relação genética em isolados clínicos de clones de alto risco de Acinetobacter baumannii

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Bueno, Mariana Sardinha
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Acinetobacter baumannii; Assistência à saúde; Clones de alto risco; Drug resistance microbial; Healthcare Associated; High risk clones; Infecções; Infections; Resistência microbiana a medicamentos; Sequenciamento completo do genoma; Whole genome sequencing
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-28092021-103430/

Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS) representam uma preocupação no mundo. Muitas destas infecções são ocasionadas por microorganismos resistentes aos antimicrobianos, dentre os quais se destaca Acinetobacter baumannii. As infecções causadas por este patógeno eram tratadas com carbapenêmicos, porém diante da emergência e disseminação de cepas resistentes a estes antimicrobianos, outras opções terapêuticas tornam-se necessárias. Atualmente a disseminação de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos é relacionada a determinados clones de circulação mundial, como os Complexos Clonais CC1, CC2 e CC3. No Brasil, entretanto, há a prevalência do CC1, CC15 e CC79, denominados clones de alto risco. Desta maneira, o objetivo deste trabalho foi avaliar a suscetibilidade antimicrobiana e os determinantes genéticos de resistência em isolados clínicos de A. baumannii pertencentes ao CC1, CC15 e CC79, utilizando microdiluição em caldo e sequenciamento de genoma como principais metodologias. Foram estudados 63 isolados clínicos de A. baumannii de pulsotipos diferentes (ApaI-PFGE), provenientes de 23 instituições brasileiras entre 2016 e 2017. Destes isolados, 21 (33,3%) pertenciam ao CC1, 20 (31,8%) ao CC15 e 22 (35%) ao CC79. A maior parte dos isolados foi classificada em XDR (extensivamente resistente) (CC1= 90,5%; CC15= 65%; CC79= 95,5%), sendo que o fenótipo PDR (pan-resistente) foi detectado em um isolado do CC15. Por meio do sequenciamento de genoma completo foi possível analisar a estrutura clonal dos isolados, categorizando-os nas sequências-tipo (ST) ST1, ST15, ST79, ST20, ST730 e ST1447 (ST novo). Além do MLST, os genes de resistência, sistemas de efluxo e mutações presentes nas cepas dos Complexos Clonais estudados foram caracterizados. Isolados pertencentes aos CC1 (100%) e CC15 (95%) apresentaram o gene blaOXA-23. Por outro lado, nos isolados do CC79, o gene blaOXA-23 foi detectado em 54,5% e blaOXA-72 em 50% dos isolados. Observou-se a presença de genes em comum aos isolados do CC1, CC15 e CC79, tais como blaOXA-23 e aph(3)-VIa. Entretanto, a comparação entre o perfil de suscetibilidade e a análise do genoma demonstrou dados relacionados aos diferentes Complexos Clonais, como aac(3)-Ia, aac(6)-Ib, aac(6)-Ib-cr, sul1 para CC1 e blaOXA-72, blaTEM-1A, dfrA1,sat2, sul2, strA, strB, aadA1, msrE, mphE e floR para CC79 (p < 0,05). Dessa forma, nossa análise sugere que a seleção dos clones de alto risco seja impulsionada pelos determinantes de resistência sob pressão seletiva do uso de antimicrobianos