O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales)

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Gouvea, Natalia Nakamura
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Agar; Alga; Annotation; Anotação; Assembly; Decontamination; Descontaminação; Genoma; Genome; Genômica; Genomics; Gracilaria domingensis; Macroalga; Montagem; Rhodophyta; Rodófita
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/

A alga vermelha multicelular Gracilaria domingensis pode ser encontrada ao longo de toda a costa brasileira, e apresenta grande potencial de cultivo e exploração para extração de compostos de interesse industrial. Além disso, as algas vermelhas, que compõem o filo Rhodophyta, são um grupo com papel importante no histórico evolutivo da multicelularidade e fotossíntese, assim como na manutenção de ecossistemas marinhos. No entanto, ainda são poucos os genomas de Rhodophyta publicados. Obter e descrever um genoma inédito é um grande passo para esclarecer seu potencial metabólico e relações evolutivas, além de servir de base para outros estudos analíticos e experimentais. Neste trabalho, o genoma de Gracilaria domingensis foi obtido através da montagem e anotação automática por métodos computacionais, a partir do seu sequenciamento pela plataforma PacBio. O sequenciamento da Gracilaria domingensis gerou 6.011.680 leituras longas, resultando na montagem de 3.332 contigs, totalizando 212 Mpb. Após a montagem foi feito o processo de descontaminação in silico dos contigs, resultando em uma montagem limpa de 78 Mpb, distribuídos em 684 scaffolds, com N50 de 180.332 pb. A anotação estrutural e funcional dos genes foi feita com o uso de diversos softwares e bancos de dados públicos. Foram identificados 11.437 genes codificantes de proteínas, dos quais 38% (4.075) não obtiveram correspondência no banco de dados NCBI-nr, sugerindo se tratarem de proteínas potencialmente desconhecidas. Somada à anotação automática, foram identificados genes relacionados a importantes processos biológicos e produção de metabólitos com interesse industrial, apenas com a anotação in silico do genoma, através de buscas por BLAST. Os resultados da montagens e anotação estrutural e funcional do genoma foram comparados com os de outros genomas de Rhodophyta já publicados, os quais foram reanotados neste trabalho utilizando a mesma metodologia, na tentativa de evitar vieses metodológicos que poderiam impactar as análises comparativas.