Diversidade do gene SLC45A2 na população urbana brasileira: associações entre SNPs e fenótipos da pigmentação

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Fracasso, Nádia Carolina de Aguiar
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Brazilian population; Haplótipos; Haplotypes; Pigmentação; Pigmentation; População brasileira; SLC45A2; SNPs
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-08042019-164618/

O gene SLC45A2 codifica a proteína transportadora associada à membrana (MATP), que está envolvida na síntese da melanina através do transporte da tirosinase e/ou de prótons para dentro dos melanossomos. Uma vez que a determinação da cor dos olhos, dos cabelos e da pele de amostras encontradas em cenas de crime seria de grande valor em casos forenses, o presente estudo teve como objetivo investigar os polimorfismos do gene SLC45A2 e seus alelos, genótipos e haplótipos e suas associações com tais características da pigmentação em uma amostra miscigenada da população brasileira. Para atingir este objetivo, 12 SNPs do gene SLC45A2 foram avaliados em 296 indivíduos não aparentados na região de Ribeirão Preto, Estado de São Paulo, Brasil. O DNA foi extraído pelo método salting-out e os SNPs foram genotipados por PCR-RFLP ou PCR alelo-específica, seguido por eletroforese em gel de poliacrilamida 10% e corados com nitrato de prata. Para averiguar a existência de associações entre as frequências dos alelos, genótipos, haplótipos ou variantes proteicas e um determinado fenótipo o teste exato de Fisher foi aplicado com uso do programa GraphPad InStat 3.06. Os haplótipos para cada indivíduo foram inferidos por dois métodos computacionais independentes: PHASE and PL-EM. Alelos e genótipos de 8 SNPs apresentaram associações significativas com pelo menos uma das quarto características morfológicas consideradas (presença de sardas, cor dos olhos, cabelos e pele). Os alelos rs181832*T, rs2287949*G, rs250417*G e 374Phe (rs16891982) estavam associados com características claras da pigmentação, enquanto os alelos rs181832*C, rs2287949*A, rs250417*C e 374Leu se mostraram associados com características escuras. Considerando-se 270 indivíduos que tiveram seus haplótipos inferidos com sucesso, foram identificados 34 (18 novos) haplótipos diferentes. Este conjunto de haplótipos resulta na codificação de quatro variantes proteicas distintas, determinadas pelos SNPs rs26722, rs16891982 e rs3733808. O haplótipo hp9 foi o mais frequente (58,3%) e se mostrou associado com a presença de cabelos loiros, olhos azuis, pele clara e presença de sardas, e também com a ausência de olhos castanho escuros, cabelos pretos e pele escura. Em termos de proteínas distintas, a proteína A, codificada por dez haplótipos distintos, incluindo o hp9, foi a mais frequente (61,48%) e também se mostrou associada com características claras da pigmentação, enquanto que a proteína B, codificada por doze haplótipos distintos foi a segunda mais frequente (24,28%) e se mostrou associada com características escuras da pigmentação. O presente estudo permitiu constatar associações significativas entre alelos/genótipos/haplótipos/proteínas com diferentes características de pigmentação e a variação nas frequências alélicas de alguns SNPs na presente amostra é consistente com a existência de mistura inter-étnica na população de Ribeirão Preto.