Estudo genômico de indivíduos com deficiência congênita de membros

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Rocha, Letícia Alves da
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Análise de sequência de DNA; Anomalias congênitas; Congenital abnormalities; Deformidades congênitas dos membros; Genética; Genética médica; Genetics; Genetics Medical; Highthroughput nucleotide sequencing; Limb deformities Congenital; Sequence analysis DNA; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; Síndrome; Syndrome
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5141/tde-28092021-084647/

A deficiência congênita de membros (DCM) é uma das anomalias congênitas mais comuns e caracteriza-se por uma hipoplasia ou aplasia de um ou mais ossos dos membros. A DCM apresenta uma heterogeneidade ampla, com aspectos etiológicos abrangendo fatores genéticos diversos e/ou fatores ambientais. Pode se apresentar como um achado isolado ou estar associado a outras anomalias congênitas. O objetivo do estudo foi caracterizar as bases genéticas e avaliar os achados clínico-radiológicos de um grupo de indivíduos com DCM. A casuística foi composta por 44 indivíduos, pertencentes a 35 famílias, que apresentavam acometimento de múltiplos ossos longos ou um único osso longo associado a outras anomalias congênitas e/ou oligodactilia. Os indivíduos foram classificados em formas isoladas ou sindrômicas, pela localização do acometimento nos membros e pelo comprometimento anatômico. Os estudos moleculares empregados foram direcionados para a hipótese clínica aventada e, na ausência de uma hipótese, ou na eventualidade de não haver uma etiologia conhecida, foram realizados o sequenciamento de nova geração (NGS) e o array genômico. Na casuística, o grau de acometimento dos membros foi variável, sendo mais prevalente o envolvimento dos membros superiores e os defeitos longitudinais, particularmente pré e pós-axial. Dentre os ossos acometidos, houve um maior acometimento do rádio (77,3%) e da fíbula (80%) nos membros superiores e inferiores, respectivamente. As formas sindrômicas foram predominantes (65,7%), com uma hipótese clínica estabelecida em 74% dos casos, incluindo síndromes reconhecidamente associadas a DCM, como a síndrome de Rothmund-Thomson (quatro casos) e as síndromes TAR e HoltOram, com três casos cada. Em 16 probandos da casuística (45,7%) foram encontradas variantes intragênicas ou uma variação do número de cópias (CNV)s, 14 no grupo sindrômico e dois no grupo dos não sindrômicos, incluindo a confirmação na maioria dos casos com uma hipótese clínica aventada. Esta maior detecção no grupo das formas sindrômicas (60,8%), comparada com o grupo apenas com anomalias dos membros (16,7%), foi estatisticamente significante, mostrando a efetividade das técnicas empregadas, particularmente o NGS, nas formas sindrômicas. Variantes novas não reportadas previamente na literatura foram encontradas nos genes NSDHL, CTC1, PUF60, TBX5 e WNT7A, ampliando o espectro de variantes associadas a estes genes. Dentre os achados encontrados nas formas sindrômicas clássicas destacam-se dois deles: a presença de uma classe de variante rara, uma duplicação intragênica em TBX5, na síndrome de Holt-Oram e a presença de dois polimorfismos novos, um deles na região 3UTR do gene RBM8A, recentemente descrito na literatura em indivíduos de origem africana, em dois dos três indivíduos analisados com a síndrome TAR. Neste caso, este achado enfatiza as diferenças nas frequências alélicas de variantes comuns e a necessidade de estudos em populações menos representadas globalmente e com grande miscigenação, como a brasileira. Em duas síndromes recentemente descritas, a síndrome Coats plus e Verheij, nas quais a DCM não é considerada um achado cardinal, a presença do defeito préaxial nos dois indivíduos avaliados sugere que este achado possa ser mais comum, a depender das coortes avaliadas. Dentre as formas não sindrômicas, variantes foram encontradas no gene WNT7A o qual pertence a uma das vias importantes para o desenvolvimento dos membros confirmando a hipótese de síndrome de Fuhrmann em um indivíduo e em uma duplicação de BHLHA9 em seis indivíduos de uma família com mãos e pés fendidos com deficiência de osso longo (apenas três com expressão fenotípica, demonstrando uma penetrância incompleta). No grupo de oito indivíduos com diagnósticos clínicos de síndromes sem etiologia genética conhecida, mesmo com o uso de análises amplas, incluindo o sequenciamento do exoma do trio e análise de CNVs, não foi possível identificar uma causa genética. O estudo da etiologia genética na DCM é um desafio dada a complexidade de fenótipos distintos associados a esta anomalia congênita, assim como o não conhecimento das bases genéticas em diversas formas isoladas, não-sindrômicas