MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Sanchez, Fabio Beltrame
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Comparative genomics; Genome assembly; Genômica comparativa; MAG; Metagenômica; Metagenomics; Montagem de genomas
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16092021-090947/

Um MAG (metagenome-assembled genome) é um genoma recuperado de dados metagenômicos e neste trabalho referem-se sempre a genomas de organismos procariotos. Após a obtenção de um MAG, diversas análises podem ser feitas para identificar similaridades e diferenças com os genomas já publicados da mesma espécie (quando a espécie é conhecida). Apresentamos MAGset, um software para comparar genomas e identificar especificidades em MAGs de espécies conhecidas. Essas especificidades podem ser regiões genômicas que existem somente no MAG e não existem nos genomas de referência, ou regiões que existem em um ou mais genomas de referência e não existem no MAG. Neste último caso, o módulo acessório MAGcheck permite verificar se as regiões não encontradas no MAG estão disponíveis nas amostras (reads) utilizadas na montagem do MAG, indicando um possível erro na montagem. Feita a comparação entre os genomas de interesse de forma automática pelo software, os seguintes resultados são apresentados ao usuário por meio de uma interface gráfica amigável: Matriz ANI comparando todos os genomas, pangenoma, anotações dos genes codificadores de proteína com os bancos CAZy e COG, regiões genômicas de interesse e resultado da validação do MAGcheck contra as amostras. Utilizando MAGset e MAGcheck, apresentamos os resultados de análises de 36 MAGs obtidos de diversas fontes. Os resultados obtidos com MAGcheck (obtivemos resultados em 34 MAGs) foram utilizados para realizar a remontagem dos MAGs originais, gerando melhorias na completude (24 dos 34 MAGs remontados) e no tamanho final (todos os MAGs remontados tiveram seu tamanho aumentado).