Caracterização citogenêmica da deleção do braço curto do cromossomo 5

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Chehimi, Samar Nasser
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos; Chromosome deletion; Cri-du-chat syndrome; Cytogenomic stabilization; Deleção cromossômica; Deleção de genes; DNA copy number variations; Doenças raras; Estabilização citogenômica; Gene deletion; Genetic tests; Genética humana; Genomic rearrangements; Human genetics; Oligonucleotide array sequence analysis; Rare diseases; Rearranjos genômicos; Síndrome do miado do gato; Testes genéticos; Variações do número de cópias de DNA.
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5141/tde-11082021-133209/

A citogenômica é o estudo de alterações estruturais do DNA que revela variações no número de cópias genômicas (CNVs, do inglês, Copy Number Variations), que podem ser responsáveis por quadros clínicos de malformações e consequências fenotípicas aos portadores. A deleção do braço curto do cromossomo 5 (5p-) é uma alteração genômica causadora da Síndrome do 5p-, também conhecida como Sindrome Cri du Chat, caracterizada, principalmente, por atraso no desenvolvimento neuropsicomotor, microcefalia, baixa estatura, hipertelorismo ocular e deficiência intelectual. Neste trabalho, avaliamos trinta (30) amostras de DNA de pacientes com 5p-, previamente diagnosticados por cariótipos com bandamento G, FISH e/ou MLPA, utilizando a técnica de array genômico (Infinium CytoSNP-850K BeadChip ® - Illumina) para delinear o ponto de quebra genômico e caracterizar os rearranjos estruturais relacionados ao fenótipo clínico. Os nossos resultados revelaram alterações estruturais em 5p que incluíam: deleções terminais puras (23), inversão pericêntrica (1), deleção intersticial (1), rearranjo terminal envolvendo uma deleção seguida de duplicação em 5p (1) e deleções e duplicações concomitantes com outros cromossomos (4). Dentre os pacientes com os rearranjos entre dois cromossomos, observamos um caso de novo entre os cromossomos 5 e 9 (arr[GRCh37] 5p15.33p14.1(25328_25351609)x1; 9p24.3p21.3(46587_20642438)x3), uma translocação de novo entre os cromossomos Y e 5 (arr[GRCh37] 5p15.33p15.1(22149_17812007)x1, Yq11.21q12(14852740_59335913)x0), um rearranjo entre os cromossomos 2 e 5 (arr[GRCh37] 2p25.3p24.1 (12770_23337574)x3, 5p15.33p15.1(113576_15713132)x1), e entre os cromossomos 5 e 18 (arr[GRCh37] 5p15.33p14.2(113576_24272820)×1, 18q12.1q23(29782990_78013728)×3). Essa última alteração foi herdada de forma materna por meio de um rearranjo complexo entre os cromossomos 5, 10 e 18, sendo transmitido há, no mínimo, três gerações familiares. A caracterização molecular por array genômico também permitiu avaliar a contribuição da patogenicidade de 197 CNVs detectadas, bem como a alta incidência de sequências do tipo LINE, próximas aos pontos de quebra da deleção, que sugerem rearranjos mediados, principalmente, por NAHR (do inglês, Non-Allelic Homologous Recombination). A correlação entre os pontos de quebra moleculares e o quadro clínico dos pacientes possibilitou inferir uma nova localização genômica terminal em 5p, inédita na literatura, associada ao choro típico da síndrome e à microcefalia. Ainda, compilamos informações fenotípicas clinicamente relevantes dos trinta pacientes avaliados, contribuindo para a formação de um banco de dados brasileiros de portadores de 5p-. A caracterização citogenômica da deleção do braço curto do cromossomo 5 teve um impacto direto no diagnóstico dos pacientes e suas famílias, e ajudou a aprimorar a correlação genótipo-fenótipo nessa síndrome.