Estudo citogenômico e avaliação da expressão gênica em pacientes com deleção 22q11.2

• Ano de defesa: 2015
• Autor(a) principal: Dantas, Anelisa Gollo [UNIFESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
• Palavras-chave em Português: Deletion syndrome; Gene expression; Copy number variation; Síndrome da deleção 22q11; Expressão gênica; Variações do número de cópias de DNA; Deleção de sequência
• Link de acesso: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=2075824; http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/46603

Introdução: A síndrome da deleção 22q11.2 é decorrente de perdas de segmentos de DNA do cromossomo 22, delimitadas na maioria das vezes por regiões com low copy repeats (LCRs), sendo mais frequentes as deleções de 3 e 1,5 Mb. O fenótipo pode ser variável em pacientes com deleções de extensões semelhantes, podendo também ser observados fenótipos similares em pacientes com deleções distintas na região 22q11.2, mesmo não sobrepostas. Objetivos: Investigação citogenômica de pacientes com o espectro clínico da síndrome da deleção 22q11.2 quanto à presença da deleção. Determinar a extensão das deleções identificadas. Avaliar a expressão gênica global. Analisar as interações entre genes diferencialmente expressos e processos biológicos enriquecidos. Casuística e Métodos: Uma amostra de 53 pacientes com o fenótipo sugestivo da síndrome da deleção 22q11.2 foi analisada quanto ao cariótipo e MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification). Dentre esses, seis apresentaram deleção. A esse grupo foram incluídos 24 pacientes com deleção previamente detectada, totalizando uma amostra de 30 pacientes. Em 29 pacientes, a extensão da deleção foi refinada por microarray genômico, e em 14, a expressão gênica foi avaliada em relação aos seus respectivos controles, pareados por idade e sexo. As interações entre genes e os processos biológicos enriquecidos foram investigados pelos softwares GeneMania e Enrichr. Resultados: Todos os pacientes apresentaram cariótipos normais, com exceção de uma que apresentou translocação não equilibrada t(6;22), resultando em deleção 22q11.2. A MLPA revelou deleções em seis dentre os 53 pacientes com fenótipo sugestivo da síndrome da deleção 22q11.2. As deleções encontradas na amostra de 30 pacientes foram de 3 Mb (22 pacientes), de 1,5 Mb (4 pacientes) e deleções atípicas (4 pacientes). Os microarrays genômicos revelaram variação dos pontos de quebra entre as deleções. O estudo da expressão gênica por microarray identificou redução da expressão de 48 transcritos, correspondentes tanto a genes da região deletada, quanto a genes das regiões que flanqueiam a região da deleção, e de outros cromossomos. Conclusões: A MLPA identificou deleções tanto típicas como atípicas. A redução da expressão de genes da região deletada, mas também de genes flanqueadores da deleção e de genes de outros cromossomos, indicam que mecanismos relacionados a um efeito de posição e ao reposicionamento da cromatina no núcleo devem estar relacionados à alteração da expressão desses genes. A avaliação da coexpressão mostrou uma relação entre os genes da região deletada e aqueles adjacentes a ela, entre genes das regiões das deleções de 1,5 e 3 Mb, bem como entre genes do cromossomo 22 e de outras regiões genômicas, revelando uma possível relação biológica, que poderia esclarecer a similaridade fenotípica entre pacientes com diferentes deleções. Dessa forma, este estudo contribuiu para uma melhor compreensão tanto dos mecanismos moleculares quanto da participação de genes na complexa rede de regulação gênica responsável pelo fenótipo característico da síndrome da deleção 22q11.