Desvendando as interações entre retrotransposons e genomas vegetais, com ênfase em cana-de-açúcar.

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Cruz, Guilherme Marcello Queiroga
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Attachment site; Cana-de-açúcar; CpG Island; Evolutionary lineage; Genoma; Genome; Ilha CpG; Linhagem evolutiva; Long Terminal Repeat; LTR; Plantas; Plants; Retrotransposon; Sítio Att; Sugarcane
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-27012015-084619/

Esta tese é estruturada em dois capítulos. O primeiro capítulo explora os retrotransposons com LTR (LTR-RT) em cana-de-açúcar e grande parte de seus resultados foram publicados no artigo \'\'Analysis of plant LTR-retrotransposons at the fine-scale family level reveals individual molecular patterns\'\'. Nossos resultados mostraram que as diferentes famílias de LTR-RT em cana-de-açúcar possuem estruturas e regulação distintas. O segundo capítulo desta tese visa responder a perguntas que surgiram durante a primeira metade deste trabalho, mas ao invés de focar no genoma de uma planta optamos por trabalhar com linhagem Del de LTR-RT em dez genomas de angiospermas sequenciados. Os resultados desta parte do trabalho foram submetidos para publicação no artigo intitulado \'\'Virus-like attachment sites and plastic CpG islands: landmarks of diversity in plant Del retrotransposons\'\'. Os resultados mostraram que a LTR é uma região dinâmica e importante para a evolução dos LTR-RTs. Nós especulamos que mudanças nas LTR atuem como gatilhos para a diversificação dos LTR-RTs.