Co-evolução de Coronavirus Aviário (AvCoV) e hospedeiros aviários com base na utilização de códons

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Clavijo, Nelson Fernando Santana
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: AvCoV; Co-evolução; Co-evolution; Codon usage; Natural selection; Seleção natural; Uso de códons
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-26052023-094837/

O Coronavirus aviário (AvCoV) é o agente causal da bronquite infecciosa das galinhas, uma doença que ocasiona grandes perdas econômicas na indústria avícola, que também pode ter como hospedeiro outras espécies de aves domésticas e selvagens. O AvCoV tem uma distribuição mundial e uma ampla variabilidade genética que resulta em distintas linhagens, levando a doença respiratória, entérica, reprodutiva ou renal. A co-evolução do sistema Coronavirus/ hospedeiro é amplamente conhecida em termos de receptores, transmissão, patogenia, resposta imune, genética de populações e filogenia, mas os estudos baseados na utilização de códons são escassos. Para o presente trabalho, foram obtidas do Genbank 57 sequencias de genoma completo do AvCoV de diferentes regiões do mundo que representar os diferentes genótipos e subtipos; os genomas foram divididos por regiões codificantes e genes para serem analisados e utilizadas para gerar indicadores do uso de códons como uso relativo de códons sinônimos, construções filogenéticas, índice de adaptação codônica e o número efetivo de códons. Os resultados obtidos mostraram que, considerando A. cygnoides, A. platyrhynchus e F. peregrinus, linhagens de AvCoV possuem um alto fitness no uso de códons nos mRNAs de renina, proteína da zona pelúcida e surfactante pulmonar respetivamente, além de não terem sido encontrados padrões de segregação na utilização de códons, sendo a força dominante sobre a evolução do AvCoV a seleção natural. O AvCoV apresentou um uso de códons pouco enviesado (Nc>45) e foi evidenciado que, com base no uso de códons, o AvCoV poderia se replicar com sucesso nos diferentes hospedeiros deste estudo.