Co-evolução de Coronavirus Aviário (AvCoV) e hospedeiros aviários com base na utilização de códons - Clavijo, Nelson Fernando Santana (2021)
O Coronavirus aviário (AvCoV) é o agente causal da bronquite infecciosa das galinhas, uma doença que ocasiona grandes perdas econômicas na indústria avícola, que também pode ter como hospedeiro outras espécies de aves domésticas e selvagens. O AvCoV tem uma distribuição mundial e uma ampla variabilidade genética que resulta em distintas linhagens, levando a doença respiratória, entérica, reprodutiva ou renal. A co-evolução do sistema Coronavirus/ hospedeiro é amplamente conhecida em termos de receptores, transmissão, patogenia, resposta imune, genética de populações e filogenia, mas os estudos baseados na utilização de códons são escassos. Para o presente trabalho, foram obtidas do Genbank 57 sequencias de genoma completo do AvCoV de diferentes regiões do mundo que representar os diferentes genótipos e subtipos; os genomas foram divididos por regiões codificantes e genes para serem analisados e utilizadas para gerar indicadores do uso de códons como uso relativo de códons sinônimos, construções filogenéticas, índice de adaptação codônica e o número efetivo de códons. Os resultados obtidos mostraram que, considerando A. cygnoides, A. platyrhynchus e F. peregrinus, linhagens de AvCoV possuem um alto fitness no uso de códons nos mRNAs de renina, proteína da zona pelúcida e surfactante pulmonar respetivamente, além de não terem sido encontrados padrões de segregação na utilização de códons, sendo a força dominante sobre a evolução do AvCoV a seleção natural. O AvCoV apresentou um uso de códons pouco enviesado (Nc>45) e foi evidenciado que, com base no uso de códons, o AvCoV poderia se replicar com sucesso nos diferentes hospedeiros deste estudo.