Análise da diversidade bacteriana em amostras de laticínios brasileiros através de técnica de cultivo e metataxonomia

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Frazilio, Diego Araújo
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Cheese microbiota; Dairies; Laticinios; Metataxonômica; Metataxonomics; Microbiota de queijos; Microbiota do leite; Milk microbiota
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60141/tde-04092019-093821/

A segurança alimentar é uma questão de importância mundial e o conhecimento de microorganismos cultiváveis e não cultiváveis é de aspecto fundamental para compreender a ecologia microbiana, a fim de propor estratégias para a conservação de alimentos e prevenção de surtos de origem alimentar. O leite e os produtos lácteos são altamente perecíveis e suscetíveis à contaminação por bactérias patogênicas. Assim, é importante determinar quais microorganismos estão presentes nas diferentes etapas do processamento de laticínios e nos produtos prontos para consumo. No capítulo 3 desta tese, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes e a microbiota acompanhante foram investigadas de 97 amostras de cinco fábricas de laticínios (localizadas nos estados de São Paulo e Goiás - Brasil) e os isolados foram identificados por sequenciamento do DNA utilizando o método de Sanger (gene 16S rRNA). Nenhuma amostra foi positiva para Listeria sp, porem a presença de S. aureus foi altamente prevalente. A microbiota acompanhante foi composta principalmente por bactérias produtoras de ácido lático (LAB), mas outras bactérias também estavam presentes. Esta parte da tese indicou a necessidade de um melhor controle de S. aureus nas fabricadas de laticínios avaliadas. No capítulo 4, amostras de fábricas de laticínios brasileiras (localizada no estado de São Paulo) previamente positivas para S. aureus foram analisadas pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, dividido em quatro grupos (matéria-prima, produto final, superfícies de contato e sem-contato com o alimento). Os resultados demonstraram altos índices de diversidade alfa (produto final e superfície sem contato com o alimento), mas os índices de diversidade beta foram baixos, as amostras foram separadas em dois grupos principais onde a comunidade bacteriana era dominada por Macrococcus, Alkaliphilus, Vagococcus, Lactobacillus, Marinilactibacillus, Streptococcus, Lisinibacillus, Staphylococcus, Clostridium, Halomonas, Lactococcus, Enterococcus, Bacillus e Psychrobacter. No capítulo 5, foram analisadas 27 amostras de duas fábricas de laticínios do Estado de São Paulo para cultura da microbiota autóctone e os isolados foram identificados por meio de sequenciamento de DNA. Além disso, o DNA metagenômico foi diretamente extraído das amostras e a microbiota não cultivável foi avaliada através do sequenciamento massivo do gene 16S rRNA. Os resultados de obtidos com as culturas bacterianas, indicaram que a maioria dos isolados eram dos grupos das bactérias láticas, mas não somente essas, foram detectadas também da ordem Enterobacterales e das famílias Staphylococcacceae, Bacillaceae, Pseudomonadaceae e Moraxellaceae. A partir da metataxonomia, construiu-se um heatmap onde foram determinadas as 20 unidades taxonômicas operacionais (OTUs) mais abundantes, revelando uma significativa dissimilaridade da microbiota de ambos os laticínios. Foram encontradas 12 taxa bacteriana mais prevalentes na microbiota dos laticínios avaliados, com a maior abundância de OTUs de Tolumonas auensis e Lactococcus fujiensis. No geral, os resultados desta tese revelam a ecologia microbiana altamente complexa de alimentos lácteos e revelaram novas combinações de espécies mistas a partir de abordagens de bactérias cultiváveis e não culturais. A partir desses resultados, é interessante desenvolver novos estudos para avaliar possíveis correlações positivas ou negativas entre os membros microbianos e suas possíveis implicações para a segurança alimentar