Análises de propriedades eletrostáticas e estruturais de complexos de proteínas para o desenvolvimento de preditores de complexação em larga escala

• Ano de defesa: 2010
• Autor(a) principal: Calixto, Tulio Marcus Ribeiro
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Banco de dados de proteínas; Biocomputação; Biocomputing; Charge regulation; Coeficiente de virial; Electrostatic Interactions; Potenciais estatísticos; Predictor of protein complexes; Preditores de complexos protéicos; Propriedades eletrostáticas; Protein data bank; Regulação de cargas; Statistical potential; Virial coefficient
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-17112010-093652/

Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem, por exemplo, na compreensão de diversas doenças e no desenho racional de fármacos. Neste projeto, nossa ênfase está no estudo de complexos de proteínas, extraídos do banco de dados de proteínas (PDB), onde desenvolvemos ferramentas computacionais as quais permitem efetuar análises em duas direções: 1) efetuar previsões básicas, através do emprego de propriedades eletrostáticas de proteínas, em diferentes condições e níveis preditivos e 2) realização de um conjunto de análises estatísticas, como freqüência de contato, em busca de preditores de complexos de proteínas e identificar padrões de interação entre seus aminoácidos em função da distância de separação. Com base nos resultados obtidos por ambos os estudos, objetivamos quantificar as forças físicas envolvidas na formação dos complexos protéicos. O foco do projeto, a longo prazo, é prever o fenômeno da complexação através da fusão dessas duas linhas de estudos: preditor básico de complexos protéicos e análise do potencial estatístico entre os aminoácidos que formam o complexo. O presente projeto é concluído com a construção de portais web que disponibilizarão os resultados obtidos por nossos trabalhos bem como a possibilidade de qualquer usuário, efetuar consultas por propriedades de proteínas e/ou grupo de proteínas.