Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Garcia, Juan Manuel Vidal
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Expressão genética; Gene expression; Genetic interaction; Interações genéticas
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17042019-182955/

Um dos fundamentos teóricos e metodológicos da biologia de sistemas é a busca e interpretação das relações entre biomoléculas que têm lugar no interior da célula e que mantém seu funcionamento. As relações podem existir entre moléculas da mesma natureza, por exemplo entre proteínas, ou entre moléculas de natureza diferente como por exemplo DNA-proteína. De todas as relações possíveis, as relações entre genes têm sido bastante estudadas utilizando dois métodos: correlacionando valores de expressão genética a partir de diferentes medidas de dependência estatística, ou utilizando técnicas biotecnológicas como as interações genéticas que identificam relações entre genes medindo o efeito fenotípico de mutações ou deleções de genes alvo. Sem importar que sejam técnicas diferentes, o que se procura em ambos casos é identificar relações funcionais que pode existir entre um par de genes. Essa semelhança conceitual faz com que seja possível comparar o resultado das duas estratégias a fim de avaliar a proporção de relações funcionais que são identificadas de modo simultâneo pelas medidas de dependência e pelas interações genéticas. Para levar a cabo dita comparação, as medidas de dependência de Pearson e Spearman foram aqui utilizadas para obter as redes de co-expressão de três conjuntos de dados de expressão genética de Saccharomyces cerevisiae. As relações funcionais obtidas no passo anterior foram comparadas com aquelas relações obtidas pela técnica das interações genéticas que se encontram disponíveis nos dois principais bancos de dados. Como resultado dessas comparações, observou-se que apesar das duas técnicas serem desenhadas com o mesmo objetivo (identificar relações funcionais entre genes), o número de relações que são comuns às duas metodologias estudadas é muito baixo. Tanto a diferença nas técnicas de obtenção das relações como a ausência de uma definição específica do que é uma relação funcional, podem ser as principais causas do baixo nível de relação entre as duas estratégias.