Diagnóstico de pneumonia por Pneumocystis jirovecii em amostras de escarro induzido de pacientes com HIV/AIDS, através da quantificação pela técnica de PCR em tempo real e por modelos de predição

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Chagas Filho, Oscar José
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Acquired immunodeficiency syndrome; Diagnóstico molecular; Glucan 1,3-?-glucosidase; Glucana 1,3-beta-glucosidase; HIV; Modelos de predição; Molecular diagnosis; Pneumocystis jirovecii; Predictive models; Reação em cadeia da polimerase em tempo real; Real-time polymerase chain reaction; Síndrome da imunodeficiência adquirida
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-16102024-164328/

A pneumonia por Pneumocystis jirovecii (PCP) segue como importante causa de morbimortalidade em pessoas vivendo com HIV (PVHIV) e apresenta algumas dificuldades relacionadas ao seu diagnóstico. Métodos de coloração convencionais têm baixa sensibilidade e são considerados padrão-ouro para o diagnóstico. A fim de aumentar a sensibilidade dos testes de coloração, indica-se o uso de amostras mais invasivas, como o lavado broncoalveolar, fato que limita o diagnóstico, sobretudo nos países em desenvolvimento. O uso dos métodos de biologia molecular, como a PCR podem superar essas limitações devido à sua alta sensibilidade, permitindo uso de amostras menos invasivas como escarro induzido. Outras características que facilitam seu uso se devem à possibilidade de automação e ao custo decrescente. Nesse contexto, aplicamos uma PCR quantitativa (PCRq) desenvolvida in-house, utilizando região gênica mtSSU do P. jirovecii, em amostras de escarro induzido. Tratou-se de estudo prospectivo com inclusão de 86 PVHIV com suspeita de PCP. Os resultados da PCRq foram determinados como ciclos de quantificação (Cq) e comparados com uma PCR qualitativa realizada no mesmo escarro induzido, ensaio de 1,3--D-Glucana no soro, e um índice clínico/laboratorial/radiológico para PCP. Os resultados da PCRq possibilitaram a divisão dos pacientes em três grupos: 32 com Cq 31 (PCRq+), 45 com Cq 33 (PCRq-), e nove com Cq entre 31-33 (intermediário), o que, combinado com as outras três análises, nos permitiu classificar os grupos como tendo PCP, não infectados por P. jirovecii, e colonizados por P. jirovecii, respectivamente. Também analisamos a performance de 10 modelos de predição (MPs) para diagnosticar PCP a partir de dados clínicos, laboratoriais e de imagem que tiveram diferença estatística significante entre os grupos PCP (Cq31) e não-PCP (Cq>31), com o intuito de indicar o início do tratamento empírico. As variáveis escolhidas para análise dos modelos de predição foram escolhidas após análise pelo algoritmo Boruta, a fim confirmar associação com PCP. Quatro cenários foram criados em acordo com a disponibilidade de acesso às variáveis nos diferentes prontos-socorros do país. Dois cenários pensados para alterações sugestivas à radiografia de tórax (infiltrado intersticial difuso) e outros dois com alterações à tomografia computadorizada (\"vidro fosco\"). Consideramos como variáveis obrigatórias: desidrogenase lática, saturação de O, proteína C-reativa, frequência respiratória (> 24 bpm), e tosse seca.Também incluímos carga viral do HIV e contagem de células CD4, como variáveis opcionais. Cada modelo analisou 6 (obrigatórios) ou 8 (obrigatórios + opcionais) parâmetros. Os modelos apresentaram bom desempenho, com precisão, recall e área sob a curva > 0,8. Os modelos nearest neighbor e Naïve Bayes se destacaram (pontuações > 0.9). Ao contrário do esperado, a carga viral do HIV e a contagem de células CD4 não melhoraram o desempenho dos modelos. Em conclusão, a partir de dados prontamente disponíveis nos prontos-socorros, os MPs podem ajudar significativamente nas decisões de tratamento da PCP em pacientes com HIV/AIDS