Análise da influência de elementos de transposição do clado CR1 na arquitetura do genoma do Schistosonoma mansoni

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Martins, Eduardo Cherobin
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Schistosoma mansoni; Bioinformática; Bioinformatics; Retrotransposons
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-16022023-162317/

Elementos de transposição (TEs) constituem grande parte dos genomas eucarióticos e podem influenciar de maneira significativa as atividades genômicas. Observações prévias de colinearidade entre elementos transponíveis e genes downstream próximos levantaram o questionamento sobre um possível padrão de inserção envolvendo TEs não-LTR da família CR1, presentes em S. mansoni. Neste contexto, utilizando ferramentas de bioinformática, foram analisados dados de sequenciamento em larga escala do genoma de S. mansoni, juntamente com dados de RNA-seq e CHIP-seq, a fim de avaliar as regiões em que as cópias desses elementos estão inseridas. Estas análises buscaram verificar a existência de tendências quanto à localização relativa entre inserções e genes, níveis de transcrição de genes próximos e localização de regiões ricas em histonas com modificações epigenéticas. Parte significativa das cópias de elementos do clado CR1 foram encontradas sendo colineares a genes downstream e próximas a genes com transcrição acima do esperado para inserções ao acaso, o que pode significar alguma preferência de inserção para tais regiões. Além disso, elementos do clado CR1 com região codificante de um domínio PHD foram encontrados com população significativa a uma distância de menos de 1000 pb de histonas com a modificação H3K4me3, a qual é reconhecida pelo domínio PHD. Este resultado sugere um possível direcionamento das inserções destes TEs, mediado pelo domínio PHD, embora análises de inserções de novo sejam necessárias para verificar esta hipótese. O entendimento dessas influências poderá ajudar a compreender o genoma do parasito e um possível mecanismo de direcionamento de inserções para regiões de histonas com a modificação H3K4me3, se comprovada a relação.