Estudo da expressão de genes envolvidos na via do NF- kB na sepse neonatal tardia: valor potencial no diagnóstico e prognóstico

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Nunes, Fernanda Andrade Macaferri da Fonseca
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Citocinas; Cytokines; Expressão gênica; Gene expression; Lectina de ligação a manose; Mannose-binding lectin; Matrix metalloproteinase 9; Metaloproteinase 9 da matriz; Receptor gatilho 1 expresso em células mieloides; Sepse neonatal; Sepsis neonatal; Triggering receptor expressed on myeloid cells-1
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5141/tde-10112021-123804/

Os avanços na terapia intensiva neonatal proporcionaram uma melhora na sobrevida dos pacientes, entretanto a sepse ainda constitui uma das principais causas de mortalidade em recém-nascidos (RN). Até o momento, nenhum marcador biológico único apresentou vantagem significativa sobre outros para o diagnóstico da sepse neonatal. Deste modo, a disponibilização de um painel de biomarcadores gênicos, que possa diferenciar mais precocemente RN infectados dos não infectados e, ainda, identificar diferentes padrões de resposta causados por agentes etiológicos distintos, pode ter impacto significativo na morbimortalidade da sepse neonatal, contribuindo para a redução dos custos hospitalares e, ainda, diferenciar um bom ou mau prognóstico. O objetivo desse estudo é descrever a expressão de genes relacionados com a via de sinalização do fator nuclear Kappa B (NF-kB) em RN com sepse tardia clínica e comprovadamente causada por bactérias Gram-positivas (G+) e Gram-negativas (G-), em três momentos diferentes: no dia do diagnóstico (dia 0), e após 3 e 7 dias de antibioticoterapia. Foram coletadas 32 amostras de sangue de RN distribuídas em grupos de acordo com o agente etiológico: com sepse causada por bactérias G+ (n = 12); causada por bactérias G- (n = 9); RN com sepse clínica (n = 11). O grupo controle foi composto por 21 amostras de RN sem sinais de infecção. A expressão gênica foi avaliada utilizando-se a metodologia RNA-Seq por meio de sequenciamento paralelo em larga escala de um painel de genes relacionados à via de sinalização do NF-kB, utilizando o kit TruSeq Targeted RNA Custom (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), na plataforma Illumina MiSeq. Na análise, os fragmentos foram alinhados à referência hg38 do genoma humano utilizando o software STAR (PMID: 23104886). Para a normalização e análise da expressão diferencial, foi utilizado o software DESeq2 (PMID: 25516281). A avaliação do perfil de expressão gênica revelou 11 genes diferencialmente expressos (DEG) no grupo de sepse por G+, 22 genes no grupo G- e 12 genes no grupo de sepse clínica em relação aos controles. Os termos de ontologia gênica (GO) significantemente enriquecidos para esses genes estão associados à atividade de citocinas e ligação aos seus receptores, regulação da via de sinalização do NF-B e lúmen do grânulo terciário. Em todos os grupos de sepse observamos a hiperexpressão do gene MMP9 e a hipoexpressão do CXCL2 e somente nos grupos de sepse comprovada por bactérias G+ e G-, a hiperexpressão do gene MBL2. No grupo G+, o gene MMP9 apresentou hipoexpressão no dia 0 comparado aos dias 3 e 7 e IL12B apresentou hipoexpressão no dia 0 em relação ao dia 7. No grupo G-, foi obervada a hiperexpressão do gene TREM1 no dia 0 comparado aos dias 3 e 7 e também a hipoexpressão do IL12B no dia 0 em relação ao dia 7. No grupo de sepse clinica, foi observada hiperexpressão do gene IRF1 no dia 0 comparado ao dia 3 e hipoexpressão do FOXP3 no dia 3 comparado ao dia 7 pós-diagnóstico. Os DEG MMP9, MBL2, IL-12B, ESM1 e TREM1 foram selecionados e validados funcionalmente por meio da quantificação da proteína por ensaio imunoenzimático. Os resultados revelaram que os genes MMP9 e MBL2 são importantes para identificação dos casos de sepse comprovada e no grupo de sepse clínica, foi observado um perfil de expressão diferente, sem alteração na expressão do gene MBL2, porém com hiperexpressão do IRF1, sugerindo uma possível infecção viral ou bacteriana não identificada. O gene TREM1 constitui um possível preditor de mau prognóstico para a sepse neonatal tardia. Os genes diferencialmente expressos MMP9, MBL2 e TREM1 codificam proteínas importantes, comprovadamente envolvidas na patogênese da sepse neonatal e apresentam potencial para serem utilizados como biomarcadores gênicos