Análise genômica viral do adenovírus humano F (HAdV-F) e do novo adenovírus humano C (HAdV-C) recombinante através de sequenciamento de nova geração e bioinformática.

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Tahmasebi, Roozbeh
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Adenovirus; Bioengenharia; Bioengineering; Bioinformática; Bioinformatics; HAdV-C; HAdV-F; Human adenoviruses; Metagenomic; Metagenômica; Next-generation sequencing; Sequenciamento nova geração
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3154/tde-08032024-111631/

A gastroenterite aguda em crianças ainda é uma das causas mais comuns de hospitalização e importante problema de saúde pública no Brasil. Geralmente, é causada por agentes virais, incluindo rotavírus (RVA), adenovírus humano entérico (HAdV) e norovírus (NoV). Os sorotipos 40 e 41, únicos membros da espécie F (HAdV-F 40/41), são os mais comumente associados à infecção gastrointestinal. Existem poucos dados disponíveis do HAdV-F 40/41 em relação a sua incidência e caracterização molecular. Brasil é um país com dimensões continentais e, portanto, espera-se encontrar uma diversidade genética viral elevada no país. Uma vigilância multirregional contínua é vital para estabelecer um quadro epidemiológico-molecular mais completo sobre o HAdV-F40/41 no Brasil. O objetivo do presente estudo foi investigar a frequência e diversidade genética de cepas de HAdV-F 40/41 em áreas rurais e urbanas de baixa renda no norte do Brasil usando técnicas de sequenciamento de nova geração (NGS), com foco na aquisição de sequências genômicas completas. Também foi realizada análise filogenética visando obter mais informações sobre a relação genética entre cepas brasileiras e mundiais de HAdV-F 40/41. Um total de 251 amostras de fezes coletadas de 2010 a 2016 nos estados do Pará e Tocantins foram rastreadas para o HAdV-F usando metagenômica. A infecção pelo HAdV-F foi detectada em 57,8% (145/251) das amostras. Um total de 137 amostras positivas pertenciam ao HAdV-F41 e 7 amostras ao HAdV-F40. Foi encontrada uma infecção dupla de HAdV-F40/41 em uma amostra. Foram detectadas infecções únicas pelo HAdV-F em 21,9% (55/251) das amostras e infecções mistas em 37,4% (94/251), sendo o RVA/HAdV-F a associação mais frequente (21,5%; 54/251). A análise molecular indicou que as cepas brasileiras de HAdV-F são geneticamente relacionadas às demais cepas de HAdV-F circulando mundialmente. A vigilância de vírus entéricos por NGS proposta no presente estudo também permitiu a identificação e caracterização genômica de uma nova cepa recombinante de HAdV-C (HAdV-C BR-211). A análise de recombinação revelou que a cepa HAdV-C BR- 211 é uma quimera na qual as regiões variáveis do gene Hexon combinam sequências de HAdV-C1 e HAdV-C89. Portanto, a cepa HAdV-C BR-211 possui um esqueleto genômico do tipo HAdV-C89 e uma inserção única de HAdV-C1 na sequência do gene Hexon. Além da cepa recombinante HAdV-C BR-211, a presente investigação também descreveu o genoma completo de uma cepa de HAdV-C tipo 1 (HAdV-C BR-245). Este é o primeiro estudo de HAdV-F utilizando sequenciamento de larga escala realizado no Brasil, onde os dados de genoma completo e análises de sequências foram usados para caracterizar as cepas de HAdV-F 40/41. A expansão do banco de dados de genoma viral pode contribuir significativamente para o melhoramento do sucesso da genotipagem de HAdV-F. Ainda, o aumento no conjunto de genomas anotados de HAdV-F poderá auxiliar o NCBI/GenBank a padronizar os registros de genoma dos HAdV.