Seleção genômica em bovinos de corte

• Ano de defesa: 2015
• Autor(a) principal: Piccoli, Mario Luiz
• Orientador(a): Braccini Neto, José
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Gado de corte; Diversidade genética; Consanguinidade
• Palavras-chave em Inglês: Genetic diversity; Inbreeding; Imputation; SNP; Genomic seletion; Accuracy; Single-step; Two-steps; Braford; Hereford
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/128119

Objetivou-se com este trabalho: (1) avaliar parâmetros de diversidade genética e de estrutura populacional com base nas raças Angus, Devon, Hereford e Shorthorn. Taxa de endogamia (ΔF), tamanho efetivo (Ne), grau de parentesco, entre outros parâmetros, foram estimados para fornecer subsídios aos programas de melhoramento. Os parâmetros indicaram adequada diversidade genética, com Ne variando entre 128 no Devon e 303 no Shorthorn e ΔF variando entre 1,50 no Angus e 3,92 no Devon; (2) avaliar estratégias de imputação de genótipos utilizando dados de Braford e Hereford através de painéis de baixa densidade (3K, 6K, 8K, 15K e 20K) para os painéis de 50K e 777K. Para o painel de 777K, também foram utilizados na imputação os painéis de 50K, 90iK e 90tK. Os resultados indicaram que, com exceção do painel de 3K, todos os demais painéis de baixa densidade poderiam ser utilizados como base visando à imputação para o painel de 50K e também que os painéis de média densidade (50K, 90iK e 90tK), poderiam ser utilizados como base na imputação para o painel de 777K. Esses painéis mostraram-se eficientes e possuem, em geral, custos compatíveis com a atividade pecuária; (3) avaliar a acurácia de predição dos valores genômicos utilizando alguns painéis de baixa densidade (8K e 15K) imputados para o painel de 50K, relacionando os resultados com o uso do painel original de 50K. A acurácia do valor genômico direto (DGV) e do valor genético genômico (GEBV) com o valor genético (EBV) utilizando painéis imputados ou não, indicaram que não houveram diferenças em acurácia e as perdas em acurácia por utilizar os painéis imputados ficaram entre -0,0002 e -0,0021 dependendo do painel, do cenário e da característica analisada; (4) usar marcadores moleculares na seleção genômica testando dois métodos BLUP (procedimento de passo único ou de multi passo) com dados simulados de bovinos de corte. Os resultados demonstraram, com base nos parâmetros estudados, igualdade de resultados entre os dois procedimentos; (5) avaliar a viabilidade do uso da seleção genômica usando dados de campo de animais Braford e Hereford, testando os dois métodos BLUP (passo único e multi passo). Os resultados com base nos parâmetros estudados, mostraram que as acurácias de predição do DGV e do GEBV foram iguais nos dois procedimentos, porém no método multi passo as predições genômicas foram menos viesadas.