Diagnóstico e epidemiologia molecular de reovírus aviário no Brasil

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: De Carli, Silvia
• Orientador(a): Canal, Cláudio Wageck
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Orthoreovirus aviário; Tipagem molecular; Filogenia; Brasil
• Palavras-chave em Inglês: Arthritis; Gene σC; Chicken; Orthoreovirus; Genotyping; Phylogeny
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/193397

Reovírus aviários (ARV, avian orthoreovirus) pertencem ao gênero Orthoreovirus, família Reoviridae, e podem infectar aves de diferentes espécies em todo o mundo. A artrite viral em galinhas (Gallus gallus) pode ser causada pelo ARV e representa um problema sanitário e econômico, provocando perdas de produtividade nos lotes em produção e até de industrialização do produto final para consumo. O presente estudo objetivou revisar a filogenia e a classificação de ARVs detectadas em galinhas em todo mundo e avaliar a disseminação das principais linhagens presentes no Brasil. Cem amostras foram obtidas de galinhas com suspeita de ARV de granjas de quatro importantes estados produtores de frango do Brasil (RS, SP, PR e SC). Dezessete amostras foram selecionadas para representar todo o banco, cultivadas em células, submetidas à detecção de RNA por RT-PCR do segmento M e genotipadas pelo sequenciamento do gene σC do segmento S do genoma de ARV. Em paralelo, foi construído um dataset de sequências de nucleotídeos do gene σC disponíveis no Genbank para classificação de ARVs circulantes no mundo e identificação taxonômica dos isolados brasileiros sequenciados. A análise filogenética foi realizada pelo método de máxima verossimilhança e o estudo da história evolutiva das linhagens presentes no Brasil por inferência bayesiana. Os dezessete isolados de ARV apresentaram resultado positivo na RT-PCR, sendo sequenciados e incluídos na análise filogenética. Com base na topologia da árvore, suporte filogenético e identidade de nucleotídeos, a análise do dataset com 468 sequências permitiu uma nova classificação taxonômica em cinco principais linhagens de ARV (I a V), muitas das quais com duas ou mais sub-linhagens (I vacinal, Ia, Ib, IIa, IIb, IIc, IVa e IVb). As amostras brasileiras desse estudo foram identificadas como Ib (n= 11), IIb (n= 2), III (n= 1) e V (n= 3); todas associadas a casos de tenossinovite (com ou sem condenação de carcaças de frango em frigoríficos) e/ou síndrome de má absorção em lotes de aves de produção industrial. A única sub-linhagem que apresentou sinal adequado para estudo temporal foi Ib, sendo demonstrado que esta surgiu no mundo em 1968 (1953 a 1982, intervalo de maior densidade posterior [HPD] de 95%) com um tamanho populacional efetivo e constante ao longo do tempo, já no Brasil a introdução ocorreu em 2010 (2007 a 2012, [HPD] de 95%).