Análise genômica em larga escala de elementos repetitivos com foco em cromossomos B do ciclídeo Astatotilapia latifasciata

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Coan, Rafael Luiz Buogo [UNESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Citogenética; Cromossomos; Expressão Gênica; Genômica; Peixe - Genética; Transcriptoma
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/144542

Cromossomos B são elementos supranumerários presentes em diversos grupos taxonômicos. Sua composição heterocromática está ligada a grande quantidade de sequências repetitivas que possuem. Sua origem está relacionada ao conjunto cromossômico A, sendo um mosaico de sequências deste. O primeiro relato de cromossomos B em ciclídeos africanos foi na espécie Astatotilapia latifasciata, que pode carregar 0, 1 ou 2 cromossomos B. Estudos citogenéticos clássicos encontraram alta carga de elementos repetitivos no cromossomo B da espécie. Portanto, o estudo dos elementos repetitivos presentes no cromossomo B de A. latifasciata pode elucidar sua origem e manutenção no genoma. Os resultados utilizando dados de sequenciamento de nova geração, mapeamento por hibridização fluorescente in situ (FISH) e PCR em tempo real mostraram vários elementos com maior número de cópias no cromossomo B de A. latifasciata. Transposons de DNA, como Tc1-Mariner, e retrotransposons, como os membros da família Bel/Pao e Gypsy, foram encontrados expandidos no cromossomo B. Com o sequenciamento em larga escala de RNA (RNA-seq), foi avaliada a transcrição diferencial entre indivíduos sem cromossomos B (B-) e com esses (B+). Mesmo alguns elementos apresentando expressão diferencial entre os grupos, elementos expandidos no B permanecem com expressão constante. A presença de sequências repetitivas expandidas no cromossomo B e seu perfil transcricional traz informações sobre sua composição e dinâmica.