Utilização do método Suvrel no ranqueamento de genes envolvidos em expressão diferencial e na análise de otimização de predição de epítopos lineares de células B

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Tambonis, Tiago
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: RNA-seq; Abordagem geométrica; Epítopos; Protozoários; Predição; Suvrel; Expressão diferencial; Diferential expression; Geometric approach; Epitopes; Protozoa; Prediction
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/191684

RNA-seq. Na primeira parte desta tese, uma abordagem geométrica baseada no Método Suvrel (\Supervised Variational Relevance Learning") é comparada com pacotes R destinados a expressão diferencial. O método Suvrel procura determinar as relevâncias das características (por exemplo, genes ou transcritos) baseado em comparações de distâncias interclasses e intraclasses. A investigação foi realizada utilizando replicatas técnicas e biológicas. A análise utilizando replicatas técnicas foi realizada por meio de curvas ROC enquanto que as replicatas biológicas foram analisadas por meio de robustez. De forma geral, é mostrado que a análise proposta obteve melhores resultados na maioria dos casos. Além disso, é um método simples que não faz nenhuma suposição sobre a distribuição associada ao conjunto de dados de RNA-seq. Desta perspectiva, a relevância deste estudo foi mostrar que um método simples pode fornecer boa acurácia tanto quanto os métodos mais complexos. Otimização de predição de epítopos lineares de células B. Epítopos são definidos como fragmentos constituintes de um antígeno (substância que ao entrar em um organismo é capaz de iniciar uma resposta imune) que interagem com receptores de células B, T e anticorpos. Após a ativação da resposta imune adaptativa é possível que o sistema imune crie memória, onde uma outra invasão será respondida de forma mais rápida. A identificação de epítopos utilizando processos experimentais ainda permanece difícil. Devido ao potencial de aplicação de ferramentas preditivas que podem auxiliar a identificação, uma série de algoritmos foram propostos. Dado o panorama exposto, a proposta da presente tese é a análise de possível melhora da acurácia de predição de epítopos lineares de células B associada ao preditor LBTOPE por meio do método Suvrel. A metodologia apresentada melhorou consideravelmente medidas estatísticas em dados gerados pelos autores do preditor e também em dados gerados por outros autores.