Métodos de soluções da equação de Fokker-Planck aplicado ao problema de enovelamento de proteína

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Perles, João Vitor Santos
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Fokker-Planck; Hierarquia de hamiltonianos; Gram-Schmidt; Potencial biestável; Enovelamento de proteína; Hamiltonian hierarchy; Bistable potential; Protein folding
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/250619

Esta dissertação explora o uso da hierarquia hamiltoniana e do processo de ortogonalização de Gram-Schmidt, combinados com o método de fatorização, para resolver a equação de Fokker-Planck. O objetivo é obter as distribuições de probabilidade, tempos de transição entre estados e constantes de relaxação para potenciais chamados de biestáveis. Nesse trabalho, os potenciais são modelados por funções do tipo polinomial. Primeiramente, é apresentada a solução da equação de Fokker-Planck para um potencial biestável polinomial, assimétrico e genérico, com o objetivo de demonstrar a aplicação dos dois formalismos distintos. Em seguida, a mesma equação é resolvida para um perfil de energia livre, que descreve unidimensionalmente os estados na dinâmica de enovelamento de proteína, obtido a partir de simulação computacional.