Habilidade de predição de painéis de SNP customizados com diferentes densidades usando o método de passo único genômico BLUP em uma população de gado de corte

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Rodríguez-Neira, Juan Diego
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: eng
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Acurácia da predição; Simulação; Acurácia da imputação; Bovinos de corte; Genômica
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/215644

A implementação da seleção genômica (SG) nos programas de melhoramento de bovinos de corte no Brasil tem sido suportado por o incremento do progresso genético das populações de bovinos Nelore. No entanto, um desafio de custo-benefício surge com base na quantidade e qualidade dos marcadores SNPs usados para predições acuradas dos valores genômicos (GEBVs). Portanto, o objetivo deste estudo é avaliar a habilidade de predição de marcadores SNPs em dados simulados e reais sobre características de alta e baixa herdabilidade por meio do método de passo único GBLUP, empregando painéis customizados de baixa e moderada densidade. No capítulo 2, oito réplicas de 18.000 animais genotipados foram simulados com painéis de 335k SNPs, dos quais 6.000 foram a população de validação para predizer os GEBVs. Critérios de alta (H-I) e baixa (L-I) informatividade além da localização equidistante (E-D) dos marcadores foram usados para customizar quatro densidades (35k, 16k, 4k e 2k) de painéis. Assim, em conjunto com o painel de 335k SNPs, treze cenários foram avaliados. Adicionalmente, os painéis customizados foram imputados a 335k SNPs e a acurácia da imputação foi estimada. Em geral, pelo menos 5% dos marcadores H-I ou E-D do painel de 335k SNPs alcançaram predições genômicas confiáveis e imputações acuradas. No capítulo 3, registros de 945 animais genotipados com alta densidade (HD) nascidos entre 1974 e 2018 para peso aos 210 (W210) e 450 (W450) dias de idade e o efeito materno para W210 (MW210) foram usados, dos quais 247 animais nascido despois do 2008 foram a população de validação. Cinco painéis de diferentes densidades (40k, 20k, 10k, 5k e 2k) foram customizados pelos critérios H-I e E-D e o painel HD foi usado como o cenário desejável. As predições dos GEBVs e a acurácia BIF (Beef Improvement Federation) foram obtidas com os programas da família BLUPF90. O método de regressão linear foi usado para avaliar a habilidade de predição, inflação e viés dos GEBVs para cada painel customizado. Uma superestimação da acurácia BIF foi observada quando diminuiu a densidade dos painéis. Para todas as características, a habilidade de predição apresentou aumento com altas densidades e foi similar para painéis customizados com densidades superiores a 10k SNPs, mesmo assim, a inflação foi baixa com altas densidades e o MW210 presentou as maiores inflações. O viés foi susceptível a superestimação dos GEBVs quando a densidade dos painéis customizados diminuiu. Em geral, a acurácia BIF e o nível do viés foram sensíveis aos painéis customizados de baixa densidade enquanto a habilidade de predição com pelo menos 5.000 H-I ou E-D marcadores a partir do painel HD, apresentou predições acuradas e com menos viés. Esses resultados indicaram que o desenvolvimento de painéis customizados de baixa densidade poderia ser uma abordagem viável para SG utilizando o método ssGBLUP e com melhor custo-benefício nos programas de melhoramento de bovinos de corte.