Aplicações da informação genômica no estudo de populações selecionadas

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Maiorano, Amanda Marchi [UNESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Acurácia de predição; Bovino; Estrutura da população; Gene; Suíno; Accuracy of prediction; Cattle; Population structure; Pigs
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/180731

A disponibilidade de painéis de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) a baixo custo tem viabilizado estudos genômicos em espécies de interesse econômico. Os objetivos do presente estudo foram conduzir análises de estruturação da população e assinaturas de seleção em duas populações de bovinos Gir selecionadas para diferentes critérios de seleção (corte ou leite); e investigar se a estimativa do efeito materno para característica medida na progênie apresenta maior acurácia com uso de “pool” de sêmen e informação genômica em diferentes cenários simulados de suínos. Análise de componentes principais (PCA) e Análise Discriminante de Componentes Principais (DAPC) foram utilizadas para verificar a estrutura da população nas populações Gir analisadas, e três métodos diferentes foram utilizados na detecção de assinaturas de seleção: índice de fixação (Fst), Escore de Integração dos Haplótipos (iHS) e Homozigose do Haplótipo Estendido Entre Populações (XP-EHH). Diferenciação genética entre as duas populações de bovinos foi observada nos resultados de PCA e DAPC. Um total de 282 genes foram identificados sob seleção, com base nos testes Fst, iHS e XP-EHH, dos quais 35 genes estão associados com QTL previamente descritos em bovinos. Os padrões de variação genética nos bovinos Gir foram consistentes com a presença de pressões seletivas em algum momento na história das populações de corte e leite. Estes resultados fornecem informações complementares sobre regiões genômicas de interesse para estudos funcionais, estudos de associação ampla do genoma e implementação de programas de melhoramento objetivando o melhoramento genético e conservação de espécies domésticas. No estudo de simulação com suínos, o programa QMSim foi utilizado para simular diferentes cenários de irmãos completos e meios-irmãos maternos. Os componentes de variâncias, herdabilidades direta e materna foram estimados com uso do programa AIREMLF90. Os preditores foram calculados por meio das metodologias Melhor Predição Linear Não-viesada (BLUP) e “single step genomic” BLUP (ssGBLUP). Correlações entre os valores genéticos verdadeiros e estimados da população de validação foram usadas para avaliar as acurácias de predição dos efeitos direto (accdireta) e materno (accmat). As estimativas de herdabilidade direta e materna variaram de 0,04 a 0,06 e 0,16 a 0,20, respectivamente. Em geral, as estimativas de accdireta e accmat foram menores para o cenário de pai único comparado com os cenários de “pool” de sêmen. Maiores acurácias foram observadas nos modelos ssGBLUP, independentemente do cenário, evidenciando a importância da inclusão da informação genômica nas avaliações genéticas.