Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: |
2023 |
Autor(a) principal: |
Lima, Pedro Leonardo Carvalho de [UNIFESP] |
Orientador(a): |
Não Informado pela instituição |
Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
Tipo de documento: |
Dissertação
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Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
Idioma: |
por |
Instituição de defesa: |
Universidade Federal de São Paulo
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Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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Departamento: |
Não Informado pela instituição
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País: |
Não Informado pela instituição
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Palavras-chave em Português: |
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Link de acesso: |
https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/70750
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Resumo: |
Os tripanossomatídeos possuem uma estrutura genômica organizada em regiões policistrônicas e até o momento, sequências promotoras específicas para cada gene não foram descritas em Trypanosoma cruzi. Mecanismos pós-transcricionais são apontados como os principais responsáveis pela regulação da expressão gênica nes- tes organismos, apesar mas ensaios de transcrição nascente em genes específicos indicam que alguns loci são transcritos com taxas diferentes. O presente trabalho teve como objetivo entender o real impacto da regulação da transcrição em relação à abundância de transcritos de diferentes regiões genômicas utilizando ensaios em larga escala dos transcritos nascentes, conhecido como Global Run on sequencing (GRO- seq). Estabelecemos um pipeline computacional adequado para processar e analisar transcritos nascentes oriundos de diferentes regiões genômicas de T. cruzi. As abun- dâncias foram avaliadas por abordagens baseadas nas coberturas ou nas contagens das reads em BPM e em TPM, respectivamente. As análises dos resultados confir- maram que os dados de GRO-seq estão enriquecidos em transcritos nascentes não- processados quando comparados com o pool de RNAs maduros detectados por RNA- seq. A maioria das unidades de transcrição policistrônicas (Polycistronic Transcription Units - PTUs) apresentam taxas de transcrição semelhante entre si, entretanto para 10,6% das comparações entre PTUs diferenças significativas foram detectadas. PTUs e regiões codificadoras de proteínas (CDSs) oriundas do compartimento genômico “Core” são mais expressas do que as do compartimento “Disruptivo”. Ademais, de- tectamos uma correlação positiva (R²=0.8) entre os níveis de abertura de cromatina (detectados em ensaios de FAIRE-seq) e expressão nascente, que é mais evidente quando os compartimentos genômicos são comparados. Em conjunto, nossos dados apontam para uma regulação transcricional diferencial entre os compartimentos genô- micos associado à abertura da cromatina sugerindo que mecanismos adicionais de regulação da expressão gênica aconteçam em T. cruzi. |